洪灾期间，由于水源可能受到粪便、垃圾、牲畜尸体等污染，水体中含有大量细菌、病毒。饮用水被这些病原微生物污染后，有可能引起传染病的暴发流行。饮用水消毒的目的，是杀灭水中的病原微生物，防止通过饮用水传播疾病。
如果饮用水源混浊度大时，消毒前应进行混凝沉淀，沉淀剂主要有明矾、硫酸铝、硫酸亚铁。以明矾为例，一桶水（25公斤）加明矾1.25-2.5克（约1 粒花生米大小），静止1小时后将澄清的水倒出，消毒后饮用。
饮用水消毒的方法很多，最简便实用的是煮沸消毒和氯化消毒法。
1、煮沸消毒：这是一种最简便而有效的消毒方法，一般细菌在水温80℃左右就不能生存，将水煮沸几分钟后，几乎可以将水中所含的全部细菌、病毒杀死。所以要力争做到喝开水，不喝生水。
这种消毒方法无持续杀菌作用，煮沸后的水在存放过程中有重新被病原菌污染的可能。因此，盛放开水的容器要清洁，应设置开水龙头或公用水舀，不要用喝水的杯子直接到容器中去取水。
2、氯化消毒法：氯化消毒是在水中加入氯制剂，通过制剂中有效氯的作用杀灭水中的细菌。常用的氯制剂有漂白粉、漂白粉精片、液氯等。在农村家庭饮水消毒中以漂白粉、漂白粉精片使用最多。不仅杀菌力很强，使用方便，价格便宜，而且在水中保持一定量的剩余浓度，即使再度污染，余氯仍有杀菌作用，所以得到广泛的应用。
漂白粉精片的投加量应据水体的水质状况、水量、漂白粉精片有效氯含量等因素决定。一般每桶水（约25公斤）放漂白粉精片半片即可。先将漂白粉精片捣碎，调成糊状，倒入水中，半小时后即可达到消毒目的。漂白粉精片遇高温、亮光、潮湿会失效，所以放在能避光、干燥、凉爽处，例如用棕色瓶存放，并拧紧瓶盖。