如果诱导3－4周仍有排毒，说明病毒耐药。维持治疗若病情还在进展要再次诱导治疗。若免疫抑制因素未去除，要延长维持治疗。
更昔洛韦治疗巨细胞病毒是目前公认的方法。
目前，有通过基因重组获得具有较强巨细胞病毒免疫原性的糖蛋白，联合巨细胞减毒疫苗免疫人体后可获得较高的中和效价。但这些新型疫苗离临床广泛应用还有待时日，并且其功效和费用等问题尚未确定。
因巨细胞病毒的持久存在，可导致长期毒性、潜伏性和可能的传染性，故对巨细胞病毒活疫苗的应用问题，颇多异议。巨细胞病毒和其他疱疹病毒一样，有引致肿瘤的潜能。
四。 鉴于传染源广泛、且多为隐性感染者、传播途径复杂而不易控制、易感性普遍，预防措施重点在于开发疫苗。
膦甲酸钠对耐受更昔洛韦的巨细胞病毒感染，但因膦甲酸钠有肾毒性、电解质失衡、抽搐、恶心等副作用，病人不易耐受。
2、膦甲酸钠：能抑制疱疹病毒的DNA聚合酶和HIV-l的逆转录酶。近已获批准用于并发巨细胞病毒视网膜炎的爱滋病病人，剂量为60毫克/每公斤体重，1日3次，3周后，继以每日90毫克维持量，可延缓视网膜炎的进展，存活时间亦延长，可能与其抗人体免疫缺陷病毒作用有关。
更昔洛韦单独用于治疗巨细胞病毒肺炎的**较差，但与巨细胞病毒免疫球蛋白联合应用后，可显著提高临床率。
对其他类型的巨细胞病毒感染，更昔洛韦的不一，早期治疗可获一定，但如同视网膜炎，终止治疗后亦往往复发。
注意：更昔洛韦治疗巨细胞病毒，虽然在开始治疗后1～4周，血和尿培养转为阴性，但停止用药2～5周后，所有病人临床症状复现，病毒学检查又转阳性，故必须长期应用每日5毫克/每公斤体重，每周5日的维持量，但常因发生白细胞减少而不得不终止治疗。
更昔洛韦治疗巨细胞病毒视网膜炎的剂量为5毫克/每公斤体重，静注，1日2次，14～21日，然后继续以每日5～6毫克/每公斤体重，应用6～7日，可延缓视网膜炎的进展。
三、1、更昔洛韦：更昔洛韦体外抗单纯疱疹病毒和巨细胞病毒的活性l0～100倍强于阿昔洛韦，被许可用于爱滋病病人的巨细胞病毒视网膜炎，以及用于器官移植病人以预防巨细胞病毒感染。
二、阿糖腺苷、阿昔洛韦、干扰素等对单纯疱疹和带状疱疹的抗病毒药物，对本病均无效。有学者，预防应用大剂量阿昔洛韦，可降低骨髓移植和肾移植病人巨细胞病毒感染的发生率，但未获公认。
一、巨细胞病毒感染的治疗，可应用各种抗病毒制剂如GCV、抗巨细胞病毒的免疫球蛋白制剂、干扰素及转移因子等。但这些药物并不能解决本问题，往往停药后病毒又潜伏地回升，鉴于此种病毒可能作为艾滋病的病因之一，各国学者均在致力于控制其感染的研究。