喝咖啡好在用早餐及午餐后，因为这样可以促进肠胃的蠕动，帮助消化，可以分解吃下去的高热量、高脂食物，也不会像空腹喝咖啡那样，对肠胃造成刺激。好不要在晚餐后喝咖啡，怕会对睡眠造成影响。若是想靠喝咖啡熬通宵，可能会在不知不中喝过量，对身体不好。
肝病患者
咖啡因会延长咖啡因在体内谢的时间。一般正常的成年人咖啡因的代谢需要2小时，可是肝病患者或是肝功能不全者，咖啡因的代谢可能需4-5小时，因此肝病患者在喝咖啡时就要一定要当心，好不要在傍晚以后喝，以免因代谢时间长而影响睡眠，而且好不超1杯。
消化系统疾病患者
相信经常在胃痛胃病的人都有个经验，就是医生一定会嘱咐，刺激性食物不要吃，包括：酒、辣椒、咖啡、茶、碳酸饮料。
咖啡之所以名列其中，就是因其中的单宁酸会刺激胃酸分泌，如果是消化疾病急性期的患者一定要避免。恢复健康之后，如果偶尔饮用咖啡，也好是在饭后用，避免空腹喝咖啡。
孕妇
很多女性从怀孕后就开始，对所有吃进去的食物会特别留意，含有咖啡因的饮料当然也被列为禁忌之一。这主要是因孕妇对于咖啡因的代谢慢，咖啡因停留在体内的时间会延长，腹中的胎儿也要到八九个月的时候，才能通过新陈代谢，清除血液中的咖啡因。
小孩
因孩童肝、肾的发育不完全，解毒能力差，使得咖啡因代谢的半衰期会延长，所以一般说来，12岁以下儿童是需要禁止摄取咖啡因的。就算成天把咖啡当开水喝的欧美人士，对于小孩子喝咖啡也是有很严格的限制。