生物碱
包括茄碱、烟碱、颠茄碱等，其主要存在于夹竹桃科、豆科、罂粟科、毛茛科、茄科、百合科等植物中。
我们常说“发芽土豆”有毒，就是“龙葵素”（即茄碱）造成的中毒现象。新鲜土豆每100克中含龙葵素不超过10毫克，较为安全，而变青、发芽、腐烂的土豆中龙葵素可增加50倍或更多。如果一次吃进200毫克龙葵素（约吃半两已变青、发芽的土豆）经过15分钟至3小时就可发病。最早出现的症状是口腔及咽喉部瘙痒，上腹部疼痛，并有恶心、呕吐、腹泻等症状。如果吃进300～400毫克或更多的龙葵素，则症状会更重，表现为体温升高和反复呕吐导致失水，同时瞳孔放大、怕光、耳鸣、抽搐、呼吸困难、血压下降，极少数人因呼吸麻痹而死亡。所以对于症状较重的病人要尽早送医院治疗。
因此在土豆烹饪、食用、储藏时要注意
（1）不吃未成熟的青皮土豆。
（2）烹饪土豆要烧熟、烧透，也可利用龙葵素具有弱碱性的特点，在烧土豆时加入适量醋。
（3）对于土豆上已稍有发芽、发青的部位及腐烂部分应彻底清除，如果土豆发青的面积较大，发芽的部位很多，应把这个土豆扔掉。
此外，黄花菜中有秋水仙碱，成年人如一次食入鲜黄花菜50～100g(相当于0.1～0.2mg秋水仙碱)即可引起中毒，会对人体胃肠道、泌尿系统具有毒害作用，并产生强烈的刺激作用。预防鲜黄花菜中毒的办法是加热处理，可以将鲜黄花菜在开水中煮片刻，再清水浸泡，使水溶性的秋水仙碱大部除去。也可以煮熟、煮透鲜黄花菜，再烹调食用。
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氰苷
氰苷类化合物广泛存在于豆科、蔷薇科、禾本科植物中，特别是木薯的块、苦杏仁、苦桃仁等果仁中含量比较高。人食用后在胃酸作用下产生氢氰酸，氢氰酸是神经毒剂，对健康具有很大的危害性。预防此类中毒措施主要是加强宣传教育，不生吃各种苦味果仁和木薯。加工过的木薯粉是没有毒性的，鲜木薯食用前，一定要经过去皮、换水浸泡3天以上、敞锅蒸煮、再清水浸泡等处理方式。
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皂苷
一般认为豆角中所含皂苷和红细胞凝集素，人食后可造成凝血作用，主要表现为胃肠炎症状，病程为数小时或1-2天。中毒原因主要是烹调不当造成的。只要充分煮熟、煮透，充分加热就可破坏其毒素，就可预防中毒发生。因此在烹饪豆角时。一定要充分煮熟，使全部的毒素破坏，特别是做凉拌菜的时候。
生大豆中也含有毒成分，因此，如果豆浆未煮熟时就食用，也可引起食物中毒，特别是将豆浆加热至80℃左右时，皂素受热膨胀泡沫上浮，形成“假沸”现象，其实此时存在于豆浆中的皂素等有毒害成分并没有完全破坏，如果饮用这种豆浆即会引起中毒，通常在食用0.5～1小时后即可发病，主要出现胃肠炎症状。
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有毒蛋白和肽
蛋白质是生物体中最复杂的物质之一。这里主要介绍毒蘑菇和蓖麻子。毒蘑菇在我国有100多种，对人生命安全有威胁的有20多种，其剧毒致死的约10种，一种毒蘑菇可含多种毒素，中毒症状也常表现很复杂，有的会强烈致幻，抢救不及时也易死亡。由于人们缺乏识别有毒与无毒蘑菇经验，通常都误将有毒蘑菇采摘食用造成中毒。大家在野外遇到不认识的蘑菇，千万不要采摘食用，否则很可能“红伞伞白杆杆，吃完一起躺板板”。
蓖麻中毒的原因主要是由于其中所含的蓖麻毒素所致。蓖麻毒素是一种很强的毒性蛋白质，对肾、肝等实质性细胞有损害，具有凝集和溶解作用，可麻痹呼吸中枢、血管运动中枢。这种毒素比砒霜的毒性还要大，能使胃肠血管中的红细胞淤血、变性等。因此除了药用，不要直接食用。
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酚类及其衍生物
主要包括简单酚类、黄酮、异黄酮、鞣酸等多种类型化合物，是植物中最常见的成分。
银杏又名白果，可作药用。但种皮、种仁和绿色的胚均含有毒成分，主要是白果二酸、白果酚和白果酸等，白果二酸毒性比较大。当人的皮肤接触种仁或肉质外种皮后，可引起皮炎、皮肤红肿。经皮肤或毒素进入小肠，再经吸收，即可发生中毒，主要作用于中枢神经。预防中毒措施：采收白果时，避免与种皮接触，不生吃白果，熟吃也应控制数量，而且应去除果肉中绿色的胚。
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植物中的其它有毒物质
叶菜类蔬菜中含有较多的硝酸盐和极少量的亚硝酸盐。人体摄入的NO3-中80%以上来自所吃的蔬菜，蔬菜中的硝酸盐在一定条件下可还原成亚硝酸盐，当其蓄积到较高浓度时，食用后就能引起中毒。预防中毒的办法是食用新鲜菜，煮熟的菜不宜久闷存放，腌菜应在腌制一个月以后才可食用。
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黄曲霉素
这个必须单独拿出来说！比氰化钾毒10倍！比砒霜毒68倍！它是我们所知的最强的生物致癌剂，1毫克就是致癌剂量。淀粉含量高的食物里最容易藏有黄曲霉毒素，如玉米、花生等，一旦霉变，黄曲霉素含量就很高，特别是花生最容易滋生黄曲霉毒素，如果一包花生里有一颗花生霉变，最好将整包花生都扔掉，因为黄曲霉菌是以孢子形式传播的，食物极易牵连霉变。还有大米、小米、小麦、豆类、薯类也会含有黄曲霉素，因此如果米饭有异味了最好不要再吃了。还有黑作坊无良商家制作的劣质芝麻酱、地沟油，我们都应该远离。此外，没洗干净的筷子，霉变了可能也藏着黄曲霉素。
俗话说“病从口入”，预防食物中毒的关键在于牢把饮食关，注意饮食卫生。
首先要选择新鲜和安全的食物；食物烹调要彻底加热；做好的熟食要立即食用；经贮存的熟食品，食前要彻底加热；避免生食品与熟食品接触，不能用切生食品的刀具、砧板再切熟食品。生、熟食物要分开存放；
其次，不吃腐败变质的食物，不要购买、采摘和食用有毒的食物，如发芽土豆、河豚鱼、毒蘑菇等。
同时，就餐时一定要选择有《食品卫生许可证的餐饮单位，不在无证排档就餐。不要到无证摊贩处买食品。不买无商标或无出厂日期、无生产单位、无保质期限等标签的罐头食品和其他包装食品。