复旦大学附属中山医院呼吸科与危重医学科是由我国著名肺病学家、防痨事业奠基人之一吴绍青教授于上世纪30年代创立的肺科发展而来，目前是上海市医学重点学科、上海市重点学科、卫生部重点专科建设项目和上海市“重中之重”学科建设项目，是上海市呼吸病研究所挂靠单位，兼管上海市呼吸内科临床质控中心。承担国家自然科学基金、国家攻关课题、科技部重大专项，卫生部基金、上海市科委基金、985和973子课题等项目，取得系列科技成果，包括国家、卫生部、教育部和上海市等各级成果奖。
　　开展临床肺功能检查和呼吸危重症的诊治，如无创通气、机械通气相关新技术开发、呼吸系统引流、肺功能测定的标准化及推广等。肺部感染诊治是学科的另一特色，尤其是免疫抑制宿主感染的诊治、耐药菌感染的诊治和医院感染的防控，肺部感染的分子诊断等。成立肺癌综合诊治中心，肺癌的早期诊断及多学科综合诊治极具特色，通过卫计委内镜培训基地评审，牵头撰写了中国和亚太肺部结节诊治指南。慢性气道疾病与呼吸危重症的救治相辅相成，慢阻肺患者稳定期康复锻炼，急性期机械通气治疗均具特色，并牵头起草了慢阻肺急性加重期诊治的国内专家共识。在肺血管病、肺间质病、睡眠呼吸紊乱及疑难病、少见病诊治等方面也具有丰富的经验。科室在转化医学推广方面初见成效，积极推进物联网医学，新药开发和干细胞治疗的落地工作。　　
　　该学科由14位教授、9位副教授、二十余位主治医师、住院医师和技师组成，愿景为“接轨国际，面向世界，服务病人，造福社会”，学科发展目标为：“变底层建设为顶层设计、变学术紧跟为学术引领、变实用新型为国际发明、变中国制造为智能创造”；培养了符合双一流要求的 “国际大会有声音、国际杂志有影响、国际学会有位置、国际社会有认可”国际四有团队；创立了物联网医学，并占领了物联网医学和肺结节诊治的国际制高点；展示了“顶层设计、学术引领、科技创新和智能惠众”的优势。
　　此外，密切结合疾病谱变化及我国呼吸科临床需求，形成了四大亚专科。
　　一、呼吸危重症：开始于上世纪50年代末，出版了一系列机械通气和临床肺功能专著，正在建设物联网eRICU呼吸重症监护室，开展了体外膜氧合（ECMO）、血液净化等技术。最早在国内开展无创正压通气、保护性机械通气、心肺功能监测、肺泡液体转运与肺水肿治疗。新型通气面罩的开发和救治技术的提高扩大了无创机械通气的适应证。
　　二、慢性气道疾病：提出“基于手机的云加端物联网医学”，研发出全球首个物联网PM2.5肺功能仪，物联网辅助慢阻肺管理系统，物联网+助力哮喘优化管理系统，牵头制定全球首个AECOPD共识，在国内设立20余家物联网医学示范基地，对提高同质化分级诊疗水平起到了引领作用。
　　三、肺部肿瘤和介入: 2002年1月28日建立全国首家肺部肿瘤综合诊疗中心，2007年建立肺癌靶向治疗门诊，2014年提出肺癌诊断端口前移、重心下沉的顶层设计，牵头制定“亚太肺结节评估指南”和中国首个“肺结节诊治”共识，开创了中国呼吸界牵头国际指南历史，研发BaiDX物联网肺结节诊断系统，激光共聚焦技术，物联网辅助肺癌靶向治疗管理系统。2012年建立中国肺癌防治联盟，在全国120家大学医院与400余家地市级和县级医院建立肺结节诊治分中心，在亚太呼吸学会、斯里兰卡推广肺结节评估指南。
　　四、肺部感染: 拥有较大规模的微生物实验室，开展传统微生物学和分子诊断相结合的微生物鉴定方法、肺部感染的临床诊治、院感防控、免疫抑制宿主肺部感染的临床和基础研究，PCP血流感染的分子诊断。负责呼吸机相关肺炎的临床处理、预防控制等指导文件的制订。