鞭虫对常用驱治肠道线虫药物的敏感性与钩虫、蛔虫、蛲虫有很大不同，需增加剂量和疗程才能提高疗效。治疗鞭虫病较常用的药物主要有以下几种。
（一）甲苯达唑
本品驱鞭虫，成人和4岁以上儿童常用100mg，每天2次，3~4天为1个疗程。必要时可间隔数天重复疗程。该药对鞭虫卵亦有良好的作用。
本药口服后仅5%~10%自肠道吸收，其它均自肠道排泄，故不良反应很少。少数病人服药后有胃肠道症状，如恶心、呕吐、腹部不适、腹痛、腹泻等。还可以发生头昏、乏力、皮疹等症状，但均较轻微短暂可自行恢复正常。
（二）阿苯达唑
成人每天400mg， 3~5天为1个疗程，必要时可间隔数日重复疗程。儿童剂量参考各产品用药说明。
本药口服后因吸收差不良反应一般较少。少数病例服药后有头晕、头痛、恶心、呕吐、腹泻、口干、乏力等现象，偶见个别病例服药后出现全身瘙痒和皮疹。
严重肝、肾、心功能不良，化脓性皮炎、活动性溃疡病、神经系统疾病以及癫痫史、药物过敏史者不宜服用。孕妇禁用。
（三）复方甲苯达唑
复方甲苯咪唑每片含甲苯达唑100mg，左旋咪唑25mg。常用量1天2次，每次1片，连服3天。成人和4岁以上儿童均按上述剂量服用。
此药所引起的不良反应较少，主要表现为头昏、恶心、腹痛、腹部不适。偶见头痛、呕吐、腹泻。但程度轻微，时间短暂，可自行缓解。孕妇忌用。小于2岁的幼儿不宜使用。其余注意事项与甲苯达唑相似。
（四）复方阿苯达唑
成人及7岁以上患者，3片顿服。2~6岁患者，1.5片顿服，或遵医嘱。
孕妇、哺乳期妇女及2岁以下患者和肝功能不全者禁用。对阿苯达唑类药品或双羟萘酸噻嘧啶过敏者禁用。
（五）伊维菌素
本品驱鞭虫，常用12mg顿服。
服药后12小时即开始排虫，第二天排出最多。
少数病例出现短暂腹痛等反应，且症状轻微，未经处理可自行消失，不影响劳动和学习。