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先天性巨细胞包涵体病鉴别：
1、与婴儿肝炎综合征相鉴别
一岁以内婴儿出现黄疸，肝脾肿大和肝功能异常的症状征侯群，且病因复杂，预后较差，对婴儿的生长发育影响较大，严重的可引起肝硬化，肝功能衰竭而危及生命。
2、与先天性胆道梗阻相鉴别
累及肝胆管可以是一段、一个局部、一叶或双侧的肝内胆管。本病多见于男性，患者在出生后的5～20年多无临床症状。一般于青年时期开始发病，但少数病人亦可终身无症状。腹痛、畏寒、发热及黄疸是本病的主要症状。
3、与全身性单纯疱疹相鉴别
有复发性口唇疱疹、皮肤疱疹、急性疱疹性口龈炎和急性疱疹性角膜结膜炎。少见的有急性疱疹性神经系统感染如脑膜炎、脑炎、脊髓炎和神经根炎。
4、与先天性白血病相鉴别
患者出生时皮肤表现最为常见，除紫癜外白血病结节，肝脾肿大，呼吸困难较为多见。
5、与败血症相鉴别
临床表现为发热、严重毒血症状、皮疹瘀点、肝脾肿大和白细胞数增高等。
6、与先天性风疹综合征相鉴别
表现为活产的患婴可表现一些急性病变，如新生儿血小板减少性紫癜，出生时即有紫红色大小不一的散的斑点，且常伴有其他暂时性的病变和长骨的骺部钙化不良、肝脾 先天性风疹患者肿大、肝炎、溶血性贫血和前囱饱满，或可有脑脊液的细胞增多。
