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1.硬化性苔藓应与老年生理性萎缩相区别。后者仅见于老年性妇女，其外阴部皮肤的萎缩情况与身体其他部位皮肤相同，表现为外阴组织包括皮肤各层及皮下脂肪层均萎缩，因而大阴唇变平，小阴唇退化，但患者无任何自觉症状。
2.原发性外阴萎缩(primary vulvar atrophy)，可发生于中年妇女，初起时皮下脂肪组织消失，大阴唇变平，继而毛发脱落，表皮枯萎，干燥发亮，呈淡白或灰白色，可能出现小红斑，小阴唇及阴蒂亦随之萎缩消失，多伴有外阴瘙痒、烧灼或刺痛感。此类患者虽无硬化性苔藓发病早期出现的典型丘疹病变，但其临床与病理发现无法与晚期硬化性苔藓患者相区别，因而有些学者认为所谓原发性外阴萎缩可能是在幼女期曾患外阴硬化性苔藓，痊愈后在中年又复发，因而外阴萎缩，故仍应当诊断为外阴硬化性苔藓而不应另行诊断为原发性外阴萎缩以免混淆。
3.硬化性苔藓应与白癜风及白化病鉴别。白癜风无自觉症状，局部皮肤白色区域与周围组织界限清楚，表面光滑润泽，弹性正常，身体其他部位可伴发白癜风。白化病无自觉症状，身体其他部位也可发现相同病变。
