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潜伏期长短与进入毒素量有关，可短至数小时，也可长达十余天，潜伏期愈短，病情愈重。但潜伏期长者也可呈重型，或者轻型起病，后发展成重型。临床表现轻重不一，轻者仅轻微不适，无需治疗，重者可于24h内致死。起病急骤，以中枢神经系统症状为主，早期有恶心、呕吐等症状，一般B型和E型比A型常见，继之出现头昏、头痛、全身乏力、视力模糊、复视。当胆碱能神经的传递作用受损，可见便秘、尿潴留及唾液和泪液分泌减少。体检发现：精神紧张、上眼睑下垂、眼外肌运动无力、眼球调节功能减退或消失。有些患者瞳孔两侧不等大、光反应迟钝。重症者腭、舌、咽、呼吸肌呈对称性弛缓性轻瘫，出现咀嚼困难、吞咽困难、语言困难、呼吸困难等脑神经损害。四肢肌肉弛缓性轻瘫表现为深腱反射可减弱和消失。但不出现病理反射，肢体瘫痪则较少见，感觉正常，意识清楚。无继发感染者体温正常。肉毒中毒一旦出现症状，病情进展迅速，变化明显，重症可有呼吸衰竭、心力衰竭，或继发肺部感染，若抢救不及时可于2～3天而死亡。经过稳定期后，逐渐进入恢复期，大多于6～10天内恢复，长者达1个月以上。
一般呼吸、吞咽及语言困难先行缓解，随后瘫痪肢体的肌肉渐复原，视觉恢复较慢，有时需数月之久。婴儿肉毒中毒：年龄为4～26周，大多为混合喂养，也有单纯母乳喂养，初发症状为便秘、不吃奶、全身弛软、哭声低沉、颈软不能抬头，继而出现脑神经麻痹。病情进展迅猛，可因呼吸麻痹死亡。也有疴隋较轻者，仅有腹胀，或难以觉察的便秘、乏力。故应警惕漏诊或误诊。创伤性肉毒中毒：由伤口感染到出现中毒症状的潜伏期约10～14天，表现与食物中毒型相同，但无恶心、呕吐等胃肠道症状。可以有发热、毒血症表现。
