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1.肛肠常规检查
看：看红肿范围，看齿线处有无黏液流出，籍此来判断内口位置。\n摸：指诊非常重要，无论是低位还是高位，指诊有时比B超还准确。
2.血常规化验
通过血常规的检查，可以判断脓肿的严重程度。
3.B超检查
B超目前已经广泛应用于肛瘘和肛周脓肿的诊断，一个有经验的检查医师，可以很准确描述脓腔和瘘管的走向，与括约肌的关系，及内口的位置。
4.CT及磁共振检查
主要用于看不见摸不着的高位脓肿。
