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肛管位于大肠的末段，上界为齿线，下界为肛缘，长3～4cm。男性肛管前面紧贴尿道和前列腺，女性则为子宫和阴道;后面为尾骨，周围有内、外括约肌围绕。肛管癌真正病因尚未明了，但有研究表明它是多因素作用下多基因失控所致，以往注意到长期慢性刺激如肛瘘、湿疣和免疫性疾患(如Crohn病)与肛管癌发生有关。近年来发现人乳头状病毒(HPV)与它有密切关系，特别是HPV-16，50%～80%的肛管癌细胞中有HPV-16。
