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首先要排除器质性精神障碍、精神活性物质和非成瘾物质所致精神障碍。与精神分裂症或情感障碍的鉴别并不难，关键是对临床症状的认定，以及确认分裂症症状和情感性症状的主次地位。如果一个病人在不同发作中分别表现以分裂性症状或情感性症状为主要临床相，仍按每次发作的主要临床相做出各自的诊断。
1.精神分裂症 分裂情感障碍与精神分裂症的鉴别较为困难，因为精神分裂症也常伴有情感症状，尤其是抑郁症状。
(1)精神病性症状可从开始持续到恢复之前，但两者的心境发作期所占病程的比例不同。分裂情感性障碍在精神病性症状活跃期，持续时间较长，占总病期大部分时间。精神分裂症的心境发作以抑郁发作常见，前驱期残留期，持续的时间较短。
(2)情感发作的严重程度不同。分裂情感性障碍的心境发作较重，精神分裂症的心境发作多为抑郁发作。
2.心境障碍 鉴别点主要在于情感症状持续的时间。两者的精神病性症状都可以从疾病开始持续到疾病恢复前，但情感症状持续的时间明显不同。
3.躯体疾病所致精神病性障碍 病史、体格检查或实验室检查结果表明。
4.物质所致精神病性障碍 服药史、体格检查，尤其是实验室检查测到患者体液中的药物，有助于这两种疾病的鉴别。
5.偏执性障碍 偏执性障碍的精神病性症状只限于妄想，而且妄想不怪异。
