1892年宽仁医院建立后不久，医院即开展外伤救治。上世纪20年代开始对骨折进行治疗，建立了骨科技术的雏形。50年代初，马佐民医师到天津医院，师从骨科前辈方先之教授学习骨科技术后，建立了骨科病房，成为骨科前身，开展手术治疗骨科伤病。如脊柱结核病灶清除术，马蹄内翻足矫正术，股骨颈骨折三翼钉固定术等骨科手术。1973年上海医学院支援建立重庆医学院的专家陈秉礼医师组建了重庆医学院附二院骨科。现为重庆市集医教研为一体的重点学科。博士学位授予点。科室目前现有医生12人，其中博士生导师1人，硕士生导师4人，博士5人，留学回国人员3人。重庆市骨科学学科带头人1名。
　　科室床位80张，已经形成脊柱外科、关节外科、创伤外科、微创骨科、手外科及显微外科、骨病与肿瘤等亚专业和方向。
　　近年以微创外科技术为发展重点，建立了微创骨科特色。率先在西南地区开展脊柱微创PVP、PKP手术，治疗脊柱骨折、脊柱肿瘤和转移性肿瘤取得良好效果，填补了西南地区的空白。对脊柱骨折、腰椎间盘突出症、腰椎管狭窄症、颈椎病、脊柱结核等采用经皮椎间孔镜、经皮固定及融合术、小切口微创手术等微创技术治疗。部分技术达到国际先进水平。目前常规开展膝、髋、肩、肘、腕、踝关节镜下手术治疗关节腔内病变、骨折和韧带损伤。
　　近年科室承担了国家863项目一项，多项国家自然基金项目和重庆市科研项目，担负着从本科、硕士到博士不同层次的临床教学工作。
　　科室十分重视对外学术交流，多次邀请国内知名专家和美国、法国、澳大利亚等国际专家教授进行学术讲座、会诊和手术示教。科室多数医师分别赴美国、德国、法国、香港等国家和地区的著名医院或医疗科研机构进修学习。多次在国内外各项学术会议中发言，取得良好反响。近年来，科室先后主办和协办了多次省市级及全国性学术会议。