重庆医科大学附二院神经内科是国家重点学科、医学博士点之一。在20世纪60年代，来自上海医学院的汤云鹏教授组建了神经病学专业，1999年全国知名专家、博士生导师、国家特殊津贴获得者胡长林教授创建了神经内科。1999年为神经病学博士学位授予点；2002年建立神经病学博士后流动站。病房房间装修整洁，配备有中心供氧系统、中心吸引器、轨道式输液架、床边呼叫系统等先进的医疗设备，其中重症监护室备有脑电监护系统、心电监护仪、呼吸机、微量推注泵等抢救仪器，特别是病房还具有中央空调、电视、电话等，使得入住的病人不仅能享受到高质量的医疗服务，而且能拥有一个舒适、宽松的诊病环境。
　　神经内科现设有脑电图室、神经电生理室等辅助科室，拥有视频脑电图、脑电地形图仪、诱发电位仪、Keypoint标准型肌电图仪、经颅多谱勒诊断监护系统等先进设备，能监测中风的危险因素，进行癫痫的鉴别诊断、周围神经病的预后分析等。
　　神经内科有雄厚的技术力量，目前医护人员35人，14名医生中教授、主任医师4人，副教授、副主任医师7人，其中博士后1人，博士8人，其余均为硕士。博士生导师2人，硕士生导师5人。住院量1800～2000人次/年，门诊量人近20000人次/年。其中胡常林教授为博士生导师、国家特殊津贴获得者，为重庆市神经内科学会委员，有丰富的临床经验，曾获国家科技进步三等奖、四川省科技进步一等奖，于1997年代表课题组参加全国科技奖励大会，参与全国高等医学院校七年制教材《神经病学》的编写。
　　神经内科专科可诊治神经科各种疾病，如急慢性脑血管病、癫痫、脑炎、脑膜炎、多发性硬化、肌肉疾病、帕金森氏病、周围神经病、痴呆、眩晕、头痛、失眠等。在脑血管疾病、癫痫诊疗方面具有领先优势，在西南地区享有一定盛誉，病员辐射整个直辖市所有区县市及云、贵、川、陕西等。开展的特色项目有：①脑血管病的综合治疗。包括急性脑梗塞的溶栓治疗、缺血性脑血管病的介入治疗、高血压脑出血的微创治疗、脑卒中的康复治疗；②各种类型癫痫的诊治，尤其是难治性癫痫。具备目前国内先进的神经影像及电生理诊断技术，可对癫痫患者生活质量的康复进行详细指导。③神经免疫性疾病如重症肌无力、格林巴利综合征的诊治，除可采用免疫抑制、丙种球蛋白治疗外，还可用目前国际上最先进的血浆置换治疗。④帕金森氏病、周围神经病、痴呆的诊断与治疗；⑤心身疾病的心理和药物治疗，包括失眠症、抑郁症等的诊断和治疗。
　　神经内科在教学方面，目前承担重庆医科大学医学二系本科及研究生的神经病学教学、临床见实习的带教任务，以及进修医师（包括脑电图专业）、本院轮转医师的培训工作，其教学质量获得了广大学生的好评，每年为各级医疗单位培养了多名学以致用的实用型人才。科研上，致力于解决临床的实际问题，如脑血管疾病和癫痫的系列研究，多次获科研基金和科研成果。近年参加、承担并完成国家自然科学基金、市教委、市卫生厅、重庆市科委科研课题15项，学校及医院科研项目4项。发表论文200余篇。