心脏大血管外科：大血管疾病：主动脉瘤，主动脉夹层等；风湿性心脏病：二尖瓣、主动脉瓣狭窄及关闭不全等；冠心病：冠脉搭桥；先天性心脏病：房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭、法乐氏四联症及各种心内复杂畸形；心房纤颤； 普胸外科：肺部疾病：肺癌、肺气肿、肺大疱、支气管扩张症、肺结核、肺隔离症等；食管疾病：食管癌、食管平滑肌瘤、化学烧伤后、食管狭窄、食管破裂等；贲门疾病：贲门癌、贲门失弛缓症等；纵膈疾病：纵膈良恶性肿瘤、胸腺瘤伴重症肌无力等；胸膜疾病：自发性气胸、急慢
　　特长优势: 大血管手术：马凡综合征、主动脉夹层、主动脉瘤等根据病变施行适宜的手术方式；心脏瓣膜置换术；房室间隔缺损经胸微创封堵术；心房纤颤的微创外科治疗；肺癌、食管癌以手术为主的规范化治疗；胸腔镜微创手术，广泛应用于肺癌，食管癌、纵隔肿瘤、气胸，手汗症等疾病；气管肿瘤的外科治疗；手汗症的外科治疗。
　　
胸外科
　　重庆医科大学附属第一医院胸外科是卫生部国家临床重点专科、重庆市肺部肿瘤综合治疗中心及重医大附一院重点学科。该科是新中国最早创建的胸心外科之一，由全国著名胸心外科专家林尚清教授主持建立。1985年被国家批准为专业硕士学位授权学科，2005年获准为外科学博士学位授权学科，2011年获评卫生部国家临床重点学科。本专科师资力量雄厚，人才梯队合理，后备人才丰厚。目前共有工作人员96人。现有医师21人，其中高级职称14人，有硕士以上学位18人，其中博士学位8人，大多数经国内进修学习，其中有11位经国外进修学习；根据科室总体规划、专业特点和个人兴趣确定亚专业方向，分为肺外科，食管外科，纵隔外科，创伤外科等亚专科。护士75人，其中主管护师10人，护师18人。
　　经过50余年的深厚积淀和技术发展，已经成为拥有约100张床位、集合4个亚专业及重庆市肺部肿瘤综合治疗中心。临床技术力量雄厚，人才梯队合理，擅长肺部疾病、食管疾病及纵隔肿瘤的外科治疗，重症胸外伤的救治等，整体医疗技术水平在西南地区及全国都有很高地位及影响，学科发展属国内先进，重庆市领先水平。近年来，多项新技术广泛开展于临床，如胸腔镜已广泛应用于良、恶性疾病手术治疗。国际一流的腔镜培训中心落户于重医大附一院院，并由该科负责专项培训工作，目前已进入设备安装阶段，年内即将投入使用。近3年，救治患者人数以每年20%左右速度递增，新技术使用率以每年10%左右速度递增；2011年救治患者数已达2500人。
　　在国内外权威杂志上发表学术论文500余篇，多篇被SCI收录；参编各种专著10余部：获得部省级多项奖励，获国家自然科学基金2项，省市级科研基金项目3项，校级科研基金项目12项，省市级科技进步奖2项，国家专利3项。