衢州市人民医院肝胆外科分为肝胆外科一和肝胆外科二。
　　肝胆外科一是衢州市医学重点学科，浙江省首批优质护理示范病房，衢州市青年文明号，郑树森院士专家工作站主要成员科室。拥有高级职称4人，硕士3人，省151人才1人，市115人才1人，市学科带头人1名，市级名医1人。科室在市内率先引进了腹腔镜、纤维胆道镜和十二指肠镜技术，相继开展了腹腔镜下胆囊切除术、肝囊肿开窗引流术、腹腔镜下胆总管切开取石“T”管引流术、十二指肠镜鼻胆管置入、十二指肠乳头切开取石术、支架植入术、B超引导下肝脓肿穿刺引流术、肝脏穿刺活检术等微创手术。随着腹腔镜技术的日臻成熟，已成功开展了腹腔镜下半肝切除术、腹腔镜下巨大切口疝修补术等。常规开展肝段、肝叶切除治疗肝内胆管结石；以手术、介入（TACE）、射频（RFA）为主综合治疗肝癌；肝门部胆管癌根治术治疗复杂高位胆管癌；腹腔镜下断流术、改良的Sugiura术治疗肝硬化门静脉高压症等。
　　肝胆外科二是衢州市医学重点学科、郑树森院士专家工作站主要成员科室。拥有高级职称7人，博士1人，硕士4人。下设胃肠、小儿外科病区和胰脾外科病区。主要收治胰腺、脾脏相关性疾病，腹部外科急腹症、创伤性疾病，普外科感染性疾病，腹壁疝等疾病。开展常规及特色诊疗项目有：1． 胰腺十二指肠疾病：重症急性胰腺炎的综合救治，慢性胰腺炎及管结石的手术治疗，胰腺良恶性肿瘤的根治切除手术。2．脾脏疾病：脾脏占位性病变，血液系统疾病、门静脉高压、脾功能亢进症等需行外科治疗疾病。3． 急腹症：上消化道出血、腹膜炎、消化道穿孔、肠梗阻的综合治疗。4．腹部创伤：脾破裂、胰十二指肠损伤、结肠破裂穿孔等严重复杂创伤及腹部复合性损伤的抢救。5． 腹壁疝外科：腹股沟疝、切口疝、脐疝、白线疝、食管裂孔疝、腹壁缺损的腹腔镜和开放手术。6．普外科腹腔镜手术：腹腔镜下脾切除，腹腔镜下各类疝修补术、腹腔镜阑尾切除术等。
　　学科成绩：近年来有省、市立项课题5项，获市科技进步奖三项。《腹腔镜胆囊切除术》获2000年市政府科技进步二等奖，《纤维胆道镜在治疗肝内外胆管结石中的应用》获2003市政府科技进步三等奖，《急性胆源性胰腺炎延期腹腔镜手术治疗》 获2006年市政府科技进步三等奖，《DPBA调控泛素-蛋白酶系活性对重症胰腺炎的作用及机制》获2011年省科技厅三等奖。在美国外科研究（SCI收录）、中华实验外科杂志、中华肝胆外科等杂志上共发表学术论文10余篇，发表的论文多次获市自然科学论文一、二等奖。目前承担市级科研项目《腹腔镜脾切除术和断流术在门静脉高压症的应用》。