外科实验室由王吉甫、朱家凯、陈国锐等老一辈外科教授创建于80年代初，实验室由小到大，仪器设备从无到有，研究人员艰苦奋斗，至90年代末实验室已具备200万仪器设备，培养了大批具有良好科研素质的外科专家，为外科的科研工作做出了重要贡献。自从普通外科成为211重点学科(1998年)和国家重点学科(2001年)以来，外科实验室的工作以辅助普通外科学科建设为主，利用普外投入的经费，在医院的大力支持下，2003年重新装修，添置了600万的仪器设备，发展成为一所现代化综合性临床基础研究实验室，总面积达500m2。实验室建立初步建立了3个技术平台：临床基础研究术平台、消化系肿瘤组织库和器官移植研究中心。在普外学科带头人汪建平、王深明、梁力建、何小顺等教授的研究方向指导下，结合外科其它各专科的科研需要，本实验室的目标是保证各项研究工作顺利进行的同时，进一步加强与国内外相关学科的合作，逐步成为一个完善的临床学科与基础学科结合并独具特色的科研基地。

实验室主要设有细胞培养室、分子生物室、病理室、生化免疫室4个技术室和1个组织标本库，各技术室配备相应的技术设备和专业技术人员。实验室目前主要通过中山大学和本医院的学科建设费来维持实验室仪器设备的日常维护和运作。实验室实行主任负责制，各功能实验室仪器设备由专人负责，健全使用登记、保养制度，规范操作程序，保证设备安全、高效运行，充分提高仪器设备的使用率。实验室在保证外科各项基础研究课题完成的前提下，还利用实验室先进的设备，开拓或开展临床病人检测新项目，辅助和推动科研工作的发展。