中日友好医院呼吸内科是医院重点建设学科。由门诊、病房、肺功能室、呼吸内镜室、过敏原诊断和脱敏治疗室、睡眠监测室、运动心肺功能室、细胞学和无创气道炎症监测室以及血气室组成。现有主任医师4人、副主任医师4人。为中国协和医科大学、北京大学医学部、北京中医药大学博士研究生培养点。科室对常见病、多发病以及疑难少见病症的诊治已达到国内先进水平。科室曾先后多次承担和参加国家和部级重要课题研究，作为国家食品药品监督管理局（SFDA）药物临床试验专业基地，主持完成了世界上第一个SARS疫苗和人禽流感疫苗的Ⅰ期临床研究工作。科主任林江涛教授为中国医师协会呼吸医师分会会长；中华医学会呼吸病学分会副主任委员；哮喘学组组长；中国哮喘联盟总负责人；世界卫生组织（WHO）全球呼吸疾病联盟（GARD）顾问；美国胸科医师协会（ACCP）资深会员；国家突发公共卫生事件专家咨询委员会成员；医疗救治组副组长；中国预防医学会公众教育和临床控烟专家委员会副主席；《中华哮喘杂志（电子版）》总编辑；《国际呼吸杂志》副总编辑；《中国呼吸和危重病监护杂志》编委会副主任委员；《中国实用内科杂志》副总编辑。
　　医疗特色：
　　1、利用国际上先进的诊疗手段，结合该科多年来积累的经验，在难治性哮喘的诊断和治疗上取得了国内领先的成绩。
　　2、建立了过敏原筛查和诊断系统，并广泛开展了脱敏治疗，为国内开展工作积累经验最多的几家医院之一，在过敏性鼻炎和哮喘的治疗上取得了非常满意的效果。
　　3、成立哮喘联谊会，并在国内首家开办了哮喘学校(Asthma School),定期义务为哮喘患者举办专题讲座、专家咨询，建立哮喘患者资料库，进行哮喘的长期管理，显著提高了哮喘患者的防治水平。
　　4、应用JUPITER21型气道反应测定仪显著提高了支气管哮喘的早期诊断水平。
　　5、是国内首家每周下午开设戒烟门诊的医院，采用药物治疗、心理咨询和行为干预等先进方法和手段，显著提高了戒烟成功率。
　　6、为国内少数几家能开展全肺灌洗术的医院，对肺泡蛋白沉积症、尘肺等弥漫性肺疾病进行全肺灌洗术治疗取得良好的疗效。
　　7、与院内其他科室密切配合，能开展所有的肺活检检查。胸膜活检阳性率为国内最高，大大提高了胸膜疾病的诊治水平。
　　8、利用先进的电子支气管镜和内科胸腔镜大大提高了疑难疾病的诊治水平。
　　9、在睡眠呼吸障碍的诊断和治疗、肺癌的综合治疗、慢性阻塞性肺疾病的康复治疗等方面积累了丰富的经验。