针灸科由全国著名针灸中医专家吴棹仙、万云程、柳励吾、丁午等创建于二十世纪五十年代，是重庆市最早成立的针灸科室。国家临床中医重点专科，国家中医药管理局重点专科，重庆市重点专科。1979年建立住院部病房，1985年成立了重庆市针灸推拿研究所，1999年被确定为重庆市中医重点专科，2005年被确定为全国针灸临床研究中心重庆分中心，并聘请中国工程院石学敏院士为名誉顾问。
　　针灸科现为国家临床中医重点专科、国家中医药管理局的国家级“十五”、“十一五”中医重点专科、重庆市卫生局医学重点学科、全国针灸临床研究中心重庆市分中心。针灸科长期从事针灸临床与科研工作，现科室有医护人员28人，其中，主任医师4人，副主任医师6人，主治医师2人，住院医师5人，主管护师3人，护师4人，护士4人，其中博士学历1人，硕士学历4人，大学本科学历有13人，平均年龄在35岁左右。针灸科王毅刚主任医师为重庆市针灸学术学科带头人，任重庆市针灸学会副会长，重庆市名中医；王竹行主任医师为国家中医药管理局重点专科和重庆市重点医学学科项目负责人，现为中国针灸学会理事，中国针灸学会临床分会理事，中国中医药学会养生康复分会委员，重庆市针灸学术学科带头人。
　　针灸科运用中医独特的传统针灸疗法如：针刺、艾灸、放血、拔罐、耳针、刮痧等，也采用与现代科学结合的针刀疗法、电针、穴位注射、微波镇痛仪、中频治疗仪、仿生信息治疗等为主要治疗手段开展诊疗工作。中西医结合诊治80余种常见病、多发病及疑难病，疗效显著。治疗中风偏瘫、面瘫、血管性头痛、小儿脑瘫、血管性帕金森氏综合症、脑供血不足引起的眩晕、颈椎病、肩周炎、腰椎间盘突出症、骨质增生、软组织损伤、骨性关节炎、失眠、肥胖、痤疮、带状疱疹等疾病疗效显著。同时对强直性脊柱炎、多发性硬化、末梢神经炎等疑难杂症也有很好的疗效。
　　针灸科在国内国际具有较大影响力，为众多慕名而来的患者解除了病痛，包括近有来自四川、贵州、湖南，远有来自广东、山东、浙江、福建、新疆、西藏等省市自治区的病员，近10年来还接收治疗了来自美国、英国、德国、日本、韩国、新加坡、台湾地区的患者数十名。针灸科曾先后派出五批针灸医师参加国家和重庆市出国医疗队到科威特、马耳他、俄罗斯、法国、瑞士进行医疗服务和讲学。随着专业技术水平的不断提高，影响不断扩大，各项业务指标逐年上升，年门诊量达到54168人次，年收治病人数527人，病床使用率高达98%。
　　针灸科是成都中医药大学、重庆医科大学中医药学院、贵阳中医药学院等针灸专业临床实习基地，每年接收实习生进修生数十名，接收过来自美国、加拿大、英国等国家的30余名外国留学生进行针灸教学及临床实习，承担过重庆市卫生局主办的针灸高级研究生班的理论教学及临床实习。针灸科注重学术的发展，不断总结临床经验，长期以来开展临床科学研究，如：电针为主中西医结合治疗抑郁症；脉痹针刺镇痛的穴位及手法优选研究；针灸为主治疗血管性痴呆的临床及分子生物学研究；针刺综合疗法治疗中风顽固后遗症（患肢高张力性肌肉痉挛、顽固性肢端肿胀、患足下垂和足内翻）等。先后承担国家及省部级临床科研课题18项，发表学术论文100余篇，为祖国针灸医学发展做出了贡献。
　　针灸科现设有住院部、特色门诊、康复训练室及专科研究室。住院部病房设置固定床位50张，包括单人间、双人间、三人间，各项设施齐全，环境优雅，医护人员态度和蔼，服务周到。特色门诊包括：1．针刀专科：针刀疗法是把中医针灸和西医手术刀有机结合的一种新的疗法，为朱汉章教授首创，经过20多年、数百万例的临床验证，该疗法对颈椎病、肩周炎、腰椎骨质增生、腰椎间盘突出症、各种软组织损伤、膝关节骨性关节炎等疾病疗效显著。针灸科自1998年即开展此项技术，具有无痛苦、费用低、见效快等优点，深受患者好评。2．减肥专科：我科采用“绿色”针灸减肥技术，不打针、不吃药，对单纯性肥胖效果显著，无任何毒副作用，通过多年实践，摸索出按照病人肥胖体质选用不同减肥方法，采用针灸电针能有效控制肥胖，大多数病人取得了良好效果。对于上班族不能天天坚持针刺的患者，还开展了立体靶向埋线治疗，经多年观察，疗效肯定，两种方法综合能提高疗效，减少反弹。3．冬病夏治专科：中医历来就有“治未病”之说，对于呼吸系统疾病顽固性疾病如哮喘，慢支炎，肺气肿，慢性鼻炎，慢性咽炎等；消化系统疾病如脾胃虚寒所致的消化不良，腹胀，腹泻，胃寒，胃痛等；以及平素畏寒畏风，体虚易感冒，免疫力低下的亚健康状态的，采用冬病夏治，三伏天化脓灸能够提高自身免疫力，有效减缓减轻现有症状。康复训练室配置了多种作业训练仪，有专业康复师指导进行各种康复训练，并配合推拿按摩以及肢体功能训练。
　　针灸科根据多年来临床研究成果总结出独特的针灸配穴处方及个体优化治疗方案。特别是治疗的重点病种“中风”、“失眠”、“血管性头痛”等取得了良好的临床疗效，解决了大量病患实际问题。
　　（一）.中风：早期首先采用现代医学的急救技术及其方法稳定各项生命体征，同时运用中医的针灸、中药汤剂醒脑开窍，恢复期重点采用“醒脑开窍”针刺手法配合现代康复技术对于病人早期促醒、减轻脑水肿、缩短急性期病程，促进及早康复，减少后遗症，早日恢复正常生活，提高了社会生活质量。科室建立了“卒中单元”，设有功能康复锻炼室、运用神经易化技术和运动再学习技术等对偏瘫病人进行专业治疗，配置有多种作业训练仪配合推拿按摩以及肢体功能训练能有效的防止肌肉痉挛和萎缩，最大限度地恢复患侧肢体的功能。在中风病的预防上，对中风的各种基础疾病如高血压病，高脂血症，糖尿病，高粘血症，脑动脉硬化症所引起的中风先兆：头昏、头痛眩晕、短暂性四肢无力，手足麻木、视物不清等都采用针灸辩证选穴调理配合科研药物对中风进行预防。
　　（二）顽固性失眠，伴抑郁，焦虑症：针灸科深入研究失眠等疾病临床机理，结合重庆地方地域特点，采用针灸、中药汤剂以及配合心理疗法治疗失眠、抑郁、焦虑症等取得了良好疗效。
　　（三） 痛证：头痛，偏头痛，三叉神经痛，脑动脉硬化性头痛采用针刺，电针及中药治疗。各种神经疼痛、骨关节疼痛、僵硬、变形、肿大等可采用针刺镇痛、自制活血酒直流电导入以活血化瘀、消肿止痛。颈肩腰腿疼痛，颈椎病，腰椎间盘突出采用电针刺激，解痉、通络、止痛，小针刀剥离粘连，电动牵引床治疗椎间盘突出，微波治疗仪对肌肉深部的疼痛粘连治疗效果更佳。