重庆市第三人民医院眼科始建于1960年，建科近40年，一直作为医院的重点学科，在医院领导的关心支持下，在全科同仁不懈的努力中，使眼科的学科建设得到了飞速发展, 取得了辉煌的成绩。随着医疗技术的日新月异，我科室同样与时俱进，加快发展的步伐；不断地引进国内外最先进的眼科设备、技术及管理模式，现在已形成集医疗、科研、教学为一体的大规模、高水平的专业科室，在重庆市享有极高的声誉，在西南地区乃至全国都产生了较大的影响。雄厚的技术实力、 一流的医疗水平、 齐全的手术项目、良好的医德医风为广大患者提供了高质量的眼科医疗服务，深受病员们的信赖。目前卫生局和市编委已授予重庆市第三人民医院眼科、耳鼻喉科共同成立重庆市眼耳鼻喉科医院，将在更大范围内产生更加深远的影响。
　　现今，眼科设于市三人民院新扩建的、装饰一新的门诊大楼内，面积近2000M2，设有四个专用手术室和多个特殊检查室；设有病床30张,有医务人员31人；其中，硕士导师1人，高级职称专家7人，中级职称医务人员15人，硕士4人，在读硕士研究生7人。同时，还聘请了北京、上海等地的知名眼科专家为该院客座教授。科室拥有美国Mentor眼A/B超、美国Mentor和美国Alcon公司超声乳化仪、德国莱卡M841、M690型和德国Muller眼科手术显微镜共4台； 美国ALCON玻璃体视网膜手术系统、德国鹰视准分子激光治疗仪、 日本TOPON角膜内皮镜、非接触眼压计、法国光太后部激光治疗仪、OCTOPUS电脑视野仪、OCTOPUS电脑视野仪、莱尔康泪道激光仪等国内外先进眼科专用设备。能够提供全方位的检查、诊治手段。
　　眼科除对各种常见病、多发病的诊治外，同时开展的手术有白内障超声乳化加人工晶体植入术，复杂视网膜脱离手术，玻璃体切割术，各种青光眼手术，复杂眼外伤手术，眼整形术，泪道疾病治疗。还小儿眼科手术，小儿斜弱视手术。新近开展PRIC,Lasik手术等及各种眼部检查、验光。
　　1990年，眼科被指定重庆市白内障复明指导站，重庆市重点学科单位。开展防盲、治盲、参与抢险救灾等多项工作。十多年来, 多次参加残疾人联合会组织的白内障复明手术，不仅为区、县基层医院培养了一大批医护技术骨干,同时还深入边远三区和三峡库区开展诊疗活动，使一大批失明患者重见了光明，受到当地政府和群众好评及多家媒体的关注和报道。此外，科内还有多名专家参与市级医疗鉴定，司法鉴定及咨询工作。
　　目前眼科按照亚专业设立有七个专业组：1、眼表疾病专业；2、白内障与青光眼专业；3、眼外伤与视网膜、玻璃体疾病专业；4、眼视光与斜弱视专业；5、屈光手术专业；6、泪道疾病与眼部整形专业；7、内分泌与中医眼科；眼科综合实力日益增强。