肛肠科是迄今为止自贡市唯一的地市级医院肛肠病专业科室、四川省首批中医重点专科、自贡市唯一的肛肠病重点专科、自贡地区肛肠病医、教、研中心。开设病床40张，拥有医护人员15名，其中高级技术人员3名。科室拥有电子痔疮治疗仪、电离子手术治疗仪、微波治疗仪、射频治疗仪、腔内治疗仪、多功能压力测试治疗仪、显微乙状结肠镜、多参数心电监护仪、结肠途径治疗系统、中药熏洗仪等专科设备。以中医、西医、中西医结合手段诊治肛肠常见病、多发病及疑难杂症（如：环状混合痔、高位复杂性肛瘘、深部脓肿、肛门缺损、肛门狭窄、脱肛、先天性肛门闭锁、肛门失禁、肛门直肠性病等），研究、研制了内服、外敷、熏洗等系列中药专科制剂应用于临床，效果极佳，在川南地区乃至全省均具有较高声誉和影响力，水平一流。目前科室拥有省级科研课题1项，开展和引进应用新技术项目10余项。