复旦大学附属华山医院 ( 原上海医科大学附属华山医院 ) 抗生素研究所前身为抗生素临床应用研究室，成立于 1963 年，设在当时的上海第一医学院 ( 后为上海医科大学 ) 附属第一医院 ( 现华山医院 ) 内。至 1985 年扩建为抗生素研究所。该所同时也是我国国家教育部 ( 原国家教委 ) 首批批准的传染病学科博士点，重点学科 (1989 年 ) ， 211 重点建设项目 (1996 年 ) 、卫生部重点开放实验室——抗生素临床药理室 (1984 年 ) 、首批卫生部确定的抗感染药临床药理基地 (1983 年 ) 、国家细菌耐药性监测中心 (1988 年 ) 。研究所 ( 室 ) 首任主任为蜚声中外的临床医学专家戴自英教授，第二任所长为 汪复教授，现为 张婴元教授 。研究所的各级医务人员在老一辈教授的谆谆教诲和指导下， 40 余年来在医疗、教学和科研工作中作出了显著成绩。 2007 研究所获全国三八红旗集体荣誉称号。

研究所的全体人员数十年来主要从事感染性疾病的诊断与治疗、抗感染药临床药理研究及临床评价和细菌耐药性防治研究。研究所有各级医师 13 名、各级研究人员 15 名，承担了大量的医疗工作，包括感染病病房、感染病门诊患者的诊治，以及院内、外疑难、危重感染性疾病的会诊和救治。每年会诊达 2000 余例次，遍及上海市各大医院，并包括外省市的重危感染患者;同时还参加了多次突发事件中感染患者的救治工作。全体医务人员数十年如一日，为患者的早日康复和挽救重危患者的生命努力工作，受到好评。