大连医科大学附属第二医院心胸外科是辽南地区较有影响力的诊治心胸外科疾病的科室，是国内较早开展心脏外科手术的单位之一 。60 年代初就开展体外循环心脏直视手术，近年来，随着知识的进步，手术技巧的提高，以及各种相关设备的更新，心胸外科在医疗，教学及科研方面都取得了长足的进步，现在科室有正副教授6名，为硕士研究生培养点， 培养硕士研究生10 余名．曾承担省市科研课题 5项。
科室现有床位 28张，ICU床位4张，，每年手术例数 300台左右，开展各种食管、纵隔、肺疾病手术治疗；先天性心脏病、心脏瓣膜病、冠心病的手术治疗一直具有较好的治疗效果． 特别是对气管、隆突部位肿瘤、中心型肺癌、 上段食管癌的治疗有独到之处，处于辽南地区领先水平．微创心胸外科手术，如胸骨下段小切口二尖瓣置换、腋下小切口纵隔肿瘤切除、食管平滑肌切除及肺大泡结扎术等，具有损伤小，恢复快，美观等特点．科室国内外交流广泛，多名医生到国内外医院交流，进修。