东方医院外二科包括了泌尿外科(包括男性泌尿外科和女性泌尿外科)和男科两部分，是国家中医药管理局指定的中医外科的博士、硕士学位学科授予点，是北京中医药大学的临床外科基地。该科是一个具有中医和中西医结合特色的科室，配备了国际先进的泌尿系统检查和治疗设备，具备现代化的手术室和安静、舒适、温馨的病房。拥有一批高素质的中西医泌尿科和男科人才，现有主任医师2名，副主任医师2名。
　　泌尿外科以传统医学理论和先进的现代医学理论为指导，以丰富的临床经验、过硬的现代诊疗技术及完善的手术设施为后盾，采用中医、西医及中西医结合等多种手段及途径对泌尿外科及男科进行高水平、高层次的诊治。如采用国际先进的腹腔镜、膀胱镜、汽化电切镜、冷刀内切开镜，施行不开刀、痛苦小、疗程短的最先进的微创外科手术，包括肾上腺手术、肾切除术、肾癌根治性切除术、肾盂输尿管肿瘤根治性切除术、膀胱癌根治性切除术、前列腺癌根治性切除术、前列腺电切术、膀胱肿瘤电切术、尿道狭窄内切开术等；中西医结合治疗多种泌尿系统疾病，如泌尿系肿瘤、结石、感染、结核、梗阻、女性专有泌尿疾病(如压力性尿失禁、尿道综合征或称女性下尿路症状(LUTS)、女性尿道疾病、尿瘘)等；采用体外冲击波碎石技术、腔内技术（经皮肾镜术、输尿管镜术）配合名老中医验方治疗各种尿路结石，各取所长，相得益彰，提高了疗效，降低了复发率。具有国际新型尿动力学检查仪，可对尿路功能障碍性疾病进行评价，同时开展了下尿路功能障碍性疾病的中医中药辨证治疗，并与临床神经泌尿外科药物治疗学及相应的经尿道手术治疗相配合，发挥中西医各自的优势，治疗各类下尿路功能性疾患，取得了良好的疗效。经皮氩氦刀靶向治疗术结合中医中药治疗为处于高危患者以及较晚期的肾癌和前列腺癌患者探索出一条新的中西医结合治疗的途径，从而提高治疗肾癌和前列腺癌的疗效，挽救了患者的生命，延长了生存期，提高了生存质量，建立了该院自己的特色微创医疗。该疗法具有损伤少、出血少、对病人一般情况要求低、可重复治疗等优点。
　　男科临床实验室可为各类男科患者提供确切的诊断依据，并擅长应用中医治疗各种男科疾患，包括不育症、性功能障碍、男性生殖系统疾病如前列腺疾患及男性更年期等。如对慢性前列腺炎采用内外兼治、综合治疗，内治有复合治则的汤剂或成药，外治以中药栓剂、微型灌肠剂或针灸治疗，为患者探索出一条新型综合治疗方法。近年来，该院开展并建立了夫精人工授精技术，该项新技术已通过北京市卫生局的验收，为北京市首家开展夫精人工授精技术的中医医院。科室以传统中医理论和现代医学理论为指导，采用个体化治疗方案，在治疗男女不孕不育方面取得了较好的临床疗效。科室在夫精人工授精实施前后对夫妇双方进行积极的中医药干预，将中医的特色治疗与现代辅助生殖技术有机地结合在一起，优势互补，为不孕不育患者提供更多的诊疗方法和手段。