首都儿科研究所小儿外科胸外科专业经过老一代专家的努力，于2002年始建，目前设置固定床位8张。每年收治病人 80-100例，手术成功率在95%以上。医师构成：主任医师2名;主治医师2名，住院医师轮转。手术室具有先进麻醉设备，可以进行有创血液动力监测，呼吸能够监测。

主要收治普通胸科病人，常见的病种有：⑴食管：食管狭窄，食管囊肿，贲门失弛缓症，气管食管瘘等。⑵纵隔：神经源性肿瘤，畸胎瘤，淋巴管瘤等。⑶肺：先天性囊性疾病，肺肿瘤，肺隔离症等。⑷膈：膈疝，膈膨升，食管裂孔疝等。⑸胸膜：急慢性胸膜炎，乳糜胸等。⑹胸壁畸形：鸡胸、漏斗胸，胸壁肿瘤等。

能够进行全部普通胸科手术。开胸手术如：肺叶、段切除术，食管吻合术，食管器官瘘修补术，食管下段括约肌切开术，食管囊肿切除术，心包囊肿切除术，膈疝修补术，膈膨升膈肌折叠术，食管裂孔疝修补及防返流术，鸡胸、漏斗胸胸廓矫形术。尤其是巨大复杂的纵隔肿瘤切除术具有丰富的经验。近年来开展胸腔镜微创手术：胸腔镜探查纵隔肿瘤活检/切除术、肺活检，膈疝、食管裂孔疝修补术，胸导管结扎术，漏斗胸NUSS手术，脓胸胸腔镜胸膜剥脱术，肺叶切除术等。