重庆医科大学附属儿童医院心胸外科成立于1974年，历经三十余载的不断发展，现有开放床位76张（其中CICU床位15张），现有教授4名，副教授3名，主治医师2名，住院医师5名。
　　科室从上世纪80年代末开始开展体外循环心脏直视手术，着重致力于低体重、危重型、复杂型先心病的外科治疗。现每年完成心脏直视手术800余例，总死亡率3％左右。手术最小年龄为生后1天，手术最低体重2.0公斤，目前1岁以下婴儿已占心脏手术总数的50％以上，小于10公斤以下患儿占总数的70％以上。科室先后开展了大动脉转位、主动脉缩窄或主动脉弓中断合并心内畸形一期矫治、各型完全性房室通道、单心室、右室双出口合并内脏转位矫治、各型完全性肺静脉异位引流、三房心、Cantral五联症等均能施行手术矫治，近年来肺动脉吊带及血管环、外科微创封堵等手术治疗均取得了良好效果。复杂先心病的手术数量及效果处于西部地区领先水平。现年收治普胸患儿900余例。先天性漏斗胸微创NUSS矫形手术、新生儿先天性食管闭锁手术、自主开发创新的胸骨悬吊矫治漏斗胸手术、胸腔镜手术均达到全国先进水平。气管支气管异物一次取尽率达99.5%，新生儿危重型膈疝手术死亡率低于5%，在诊治其他疾病方面也有丰富经验，如食道裂孔疝、胸腔及纵隔肿瘤、肺先天性疾病、心包炎、脓胸、颈静脉扩张、鸡胸，科室还开展了小儿先心外科封堵术。