三穗县中医院成立于1994年，三穗县人民政府根据当时上级“为继承和发扬祖国中医药的优势，更有利的开展人民身体健康的医疗卫生服务的精神”，决定成立三穗县中医院，由于当时资金缺口大，人员配置困难，政府决定先将中医院并入县人民医院进行管理。