深圳市人民医院胃肠外科是我市最早成立诊治胃肠外科疾病的专业化科室，其发展历程反映了深圳市胃肠外科的发展历程，是在普外科基础上不断发展壮大过程中逐步分化出来的。

自1998年胃肠外科成为专业化科室后，所开展的胃肠道恶性肿瘤根治手术例数逐年增多，所开展的手术有标准化D2胃癌根治术、根治性右半结肠切除术、根治性左半结肠切除术、直肠癌根治术、胰十二指肠切除术、门奇断流、门腔分流术等。同时积极开展与德国不来梅港市中心医院的业务交流合作，推进互派交换学者。潘凯主任2000年成为中华胃肠外科杂志编委会委员、广东省胃肠外科与营养支持学组委员、暨南大学医学院附属第二医院硕士生导师，使胃肠外科在国内有了一席之地。硕士研究生的招收、进修医生的增多、本科生教育的发展使胃肠外科有了长足的进步。

2003年初率先在深圳市开展腹腔镜直肠癌根治手术，使腹腔镜手术技术优势在胃肠外科得到充分发挥，资料显示2005年的腹腔镜手术占到胃肠外科住院病人手术的4.89%。2008年腹腔镜手术已占到胃肠外科住院病人手术的52%。现在随着腹腔镜技术的成熟，手术类型不断增多，手术范围涉及到直肠癌根治、乙状结肠癌根治、根治性左半结肠切除、根治性右半结肠切除、胃良性病变的切除、远端胃癌的根治切除、根治性全胃切除、阑尾切除、胃穿孔的修补、各类疝修补手术等各个方面。至2008年8月已累计完成腹腔镜下结直肠癌根治手术300余例，各类胃肠道腹腔镜手术500余例。2004至2007年连续四年举办省市级腹腔镜在胃肠外科领域应用学习班，进行腹腔镜胃、结直肠癌根治手术的现场演示。腹腔镜技术在深圳市胃肠外科处于领先地位。

科研、教学获得了前所未有的进步。截至2008年共培养硕士研究生12名。全科在国内外杂志上发表学术论文近百篇;现有主任医师3名，主治医师5名，博士2名，在读博士研究生2名，硕士5名，在读硕士研究生3名。