针灸科是深圳市医学重点专科，2003年被广东省中医药局确定为广东省中医重点专科。该专科有医学博士3人、硕士3人、主任医师3人、副主任医师4人。针灸医学是近几十年来世界医坛备受关注并迅猛发展的一门学科。它孕育诞生于中国，却是被全世界各个民族、地区和国家渴望接受的传统疗法。深圳市中医院针灸科创立于1975年，现学科带头人为深圳是针灸学会会长博士生导师杨卓欣教授，还有于海波、陶加平、吴永刚、王玲、周洁、皮敏、曹雪梅、陈荣钟等具备高级职称的技术骨干，该科运用针灸治疗60多种重、难、急症，包括世界卫生组织公布的47种疾病。专科注重综合、多元化治疗特色，运用中西医理论对中风及并发症、后遗症、脑系脊髓神经疾患、小儿脑瘫、前列腺疾病、结石症以及外周神经损伤、脊柱关节病变、软组织损伤、多种神经痛症的诊疗有丰富临床经验。该科在国内处于领先水平的特色技术项目，如醒脑开窍“针刺法”；治疗慢性前列腺炎整体疗法：“三针”疗法治疗小儿脑瘫等。专科近年来引进多种新技术，并成立中风诊疗中心、中西汇通，采取了多种康复治疗手段、对中风后遗症、脑瘫等神经系统疾病的治疗有突出疗效。