肺部疾病防治科是区级重点专科、全区肺部疾病诊疗中心，是目前全市慢病防治机构防治科中惟一拥有住院病房的专科。它承担着福田辖区数十家市、区级综合性医院疑似结核病转诊后的确诊与治疗任务。有专科住院病床30张，有一批从三甲医院引进的高职称、高学历优秀专家（正高3名、副高6名）。配备有CR摄片机、美国GE500毫安及西门子500毫安X光机、日本奥林巴斯纤维支气管镜、肺功能仪及分枝杆菌培养仪、彩色B超等先进的仪器设备，主要诊治肺部疾病，特别对难治性肺部疾病积累了系统的治疗管理经验，在同行业中享有盛名。除能开展结核菌培养及药敏检测外，还开展了纤维支气管镜检查、结核菌菌型、菌种鉴定和细菌最低抑菌浓度的检测，福田区慢病院的细菌培养室已顺利完成世界卫生组织结核病细菌耐药监测的任务，并得到WHO专家的肯定。