胃肠胰外科在临床医疗、教学、科研等方面具有雄厚的技术实力。目前南、北院现共有开放床位50张，博士导师1人，正副高职称2人，主治医师5人。承担卫生部、广东省科委及卫生厅的多项科研基金。

近年来，我科紧跟国内外先进医疗技术的步伐，注重专科化发展。临床治疗主要针对胃肠道外科疾病、胃肠及腹腔肿瘤、腹壁各类疝、痔、肛瘘、腹部腹腔镜手术等，每年开展胃肠道肿瘤根治手术数百例，居省内前列。在腹腔镜胃癌及结肠癌手术、低位直肠保肛手术、重症胰腺炎的治疗等方面为省内先进水平。痔的吻合器切除达国内先进水平。在治疗肠外瘘、严重腹腔感染等复杂疑难患者营养支持、外科治疗及危重病人都积累了丰富的经验与卓越效果。1997年我科国内率先开展了无张力疝修补技术治疗腹外疝的工作，2001年成立华南疝外科治疗培训中心，是全国疝与腹壁外科学组副组长单位，运用最新的无张力修补技术治疗各种腹股沟疝和腹壁疝处于全国领先水平。