耳鼻咽喉头颈外科是北京同仁医院传统的重点学科，与北京市耳鼻咽喉科研究所结合形成了国内具有代表性的专科特色，现已成为国家重点学科、国家生命科学与技术人才培养基地。2002年，耳鼻咽喉头颈外科与北京市耳鼻咽喉科研究所共同组建成立北京市耳鼻咽喉头颈外科研究中心。 耳鼻咽喉头颈外科下设耳科、鼻科、咽喉科和头颈外科四个亚学科，设床位263张，年门急诊量20余万人次，年出院量7000余人次，年手术量9000余例次。科所结合成立了人工听觉技术中心、听觉前庭生理中心、新生儿听力康复中心、变应性鼻炎诊疗中心、肿瘤生物学实验室、临床解剖学实验室、药物研发部、睡眠医学中心、嗓音医学中心等多个诊疗平台。中心现有主任医师21名，副主任医师16名，研究员2名，副研究员4名；博士生导师7人，硕士生导师13人。