神经外科位于病房大楼11楼，是我县最早设立的神经外科专科，也是目前我县最大的重型颅脑外伤及其它脑科急症抢救中心，现有医务人员21名，其中主任医师1名，副主任医师2名，主治医师3名，住院医师3名，护士11名。现开放床位30余张，每年收治病人1200余人，开展各种手术300余台，救治病人数及手术量在全市县级医院神经外科中居于前列，并承担神经外科临床、教学及科研工作。经过10余年的发展，神经外科已成为本院技术领先的重点科室，专科覆盖颅脑外伤、颅内肿瘤、颈椎病、脊髓空洞、脊髓损伤、三叉神经痛、面肌痉挛、脑血管性及功能性疾病等。2003年本科室被济宁市卫生局评为“特色专科”。