呼吸与危重症医学科是福建医科大学呼吸系病研究室的挂靠单位。近年来，呼吸与危重症医学科引进了一批国内外先进的医疗设备，在省内率先开展了睡眠呼吸疾患的研究，研究任务是对睡眠呼吸暂停综合征患者进行诊断与治疗，并探讨该病发生的原因，以及该病与肺心病、继发性高血压、冠心病等心血管并发症的关系，在我院耳鼻喉科、神经内科、心血管内科等多个科室合作努力下，至今已诊断治疗此类患者4000多名。同时承担呼吸科还承担多项国家级及省级课题：《鼾症――阻塞性睡眠呼吸暂停综合征的临床研究》、《阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征患者靶器官损害的相关研究》、《血管内皮生长因子基因多态性与阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征》，先后在《中华结核和呼吸杂志》、《中华老年医学杂志》、《国际呼吸杂志》等刊物上发表40多篇论著，有较高的学术影响。先后引进了纤维支气管镜和电子气管镜，开展肺部疾病的诊断及治疗，对内科胸腔镜及气道支架放置等治疗呼吸系统疾病的方法方面有较深入的研究。在呼吸衰竭、哮喘、COPD、难治性肺部感染、肺栓塞、有创-无创序贯机械通气在COPD并严重呼吸衰竭病人中的应用及撤机策略等方面的医疗水平位列省内前茅。我科人员先后发表了数十篇国家级科研论文，承担并完成多项省级科研课题，成功举办了多届福建省呼吸系病新技术与新进展学习班以及国家级呼吸与危重症医学科学习班。科室人员结构合理，科室现有教授、主任医师3人，副主任医师8人，博士5人，硕士11人。科主任林其昌教授，福建医科大学呼吸病学研究室主任、硕士研究生导师，兼任中国医师协会呼吸医师分会常务委员，中华医学会呼吸病学分会全国委员，中国控烟协会烟草与疾病控制委员会常务委员、中国睡眠研究会理事、福建省医学会呼吸病分会主任委员、福建省医学会内科学分会常务委员、国家突发卫生公共事件专家组成员，并兼任《中华结核和呼吸杂志》通讯编委，《中华老年医学杂志》、《中国康复杂志》、《实用医学杂志》、《中国睡眠医学》编委，《国际呼吸杂志》常务编委等。