放射治疗科是一个由临床治疗、放射物理和放射生物三部分组成的专业科室，临床分为头颈、胸和腹部肿瘤三个专业组。有一支由医护人员、物理师和工程师等30余人组成的实力雄厚的专业队伍。，该科拥有2台直线加速器，1台常规模拟定位机，2套治疗计划系统即 大恒STAR2000 和瓦里安Eclipse，1台近距离治疗机和1台热疗机等一流的设备和完善的管理结构。每年收治新病人约3600人，主要治疗的恶性肿瘤包括鼻咽癌、头颈部肿瘤、脑瘤、肺癌、食管癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、恶性淋巴瘤、乳腺癌、直肠癌、妇科肿瘤，儿童肿瘤和软组织肉瘤等。率先在安徽省开展立体定向放疗和动静态调强放疗。

该科自1996年以来与上级医院合作多项科研课题，2006年被评为省级重点专病。