儿童服务体系由新生重症监护中心、儿科和儿童保健科组成，对新生儿、婴幼儿、学龄前、和学龄期等各个不同时期的孩子开展体格、智力监测，健康查体、营养评价，以及各类疾病的诊治，提供系列化、全方位的医疗保健服务。

该院新生儿症监护中心是嘉兴市重点学科，收治出生在本院及外地的重危新生儿，在新生儿肺炎 、新生儿窒息、高胆红血症、颅内出血等新生儿疾病的诊治方面积累了丰富的临床经验，尤其在多胎儿、早产儿、低体无数危重患儿、极低体重儿的管理，新生儿窒息的复苏方面成绩斐然。该科主持的《新生儿先天性心脏病监测与干预研究》项目获2004年度省卫生厅医药卫生创新二等奖、2004年度嘉兴市科技局科技进步二等奖，并已进入省科技进步奖的评奖公示阶段，另有多项新技术、新项目填补市内空。2004院内新生儿死亡率0.2%,早产儿、极低体重儿成活率达到90%以上，以上指标均达到国内先进水平。

儿科病区以各类新生儿疾病，小儿呼吸系统、消化系统疾病的诊治为特色，在本市及周遍地区享有很高的声誉。该科发展迅速，每年的收治人数以20%以上的幅度递增，2004年同比增长38%，其中对外收治占总收治人数的70%。

新生儿疾病筛查已筛查中心为基础，县(市)区妇保所为枢纽，医疗卫生单位为依托，社区卫生院为保障的筛查网络体系，在本市新生儿中，对我国发病率较高的甲状腺功能低下、苯丙酮尿症等两种疾病进行筛查。2004年 27522人，筛查率86.7%，同比增加 4.6个百分点，苯丙酮尿症发生率0.07‰，甲低发生率0.54‰。由于早发现、及时治疗，这类患儿的体格发育和智力发育基本达到健康儿童水平，为嘉兴市降低出生缺陷，提高人口素质做出了较大的贡献。

新生听力筛查中心引进最先进的听力筛查设备，在新生儿出生后24小时即对其听功能进行测定，以达到早期发现、早期治疗、早期干预的目的。2004年度全市31家单位共筛查35420人次，检出听力异常发生率9.4‰。