1956年朱畅宁教授等创建了复旦儿科医院病理科，同时他也是全国儿科病理的奠基人。在当时的条件下，首先进行尸体解剖诊断，随继开展外科病理诊断、脱落细胞学诊断及尿液包涵体检查，并在全国率先开展染色体检查用于临床诊断、新生儿死亡原因分析及对各种先天性心脏病病因与染色体改变的探讨，开展许多科研工作如肺出血、肺透明膜及肺表面活性物质的研究，培养硕士、博士研究生多名，先后在中华儿科等杂志上发表文章并参加编写《儿科学》等书，并获得多项科研奖，使儿科病理在全国处于领先水平。现有Olympus显微镜2台 Leica冰冻切片机，台、Olympus显微摄像仪1台 图像分析仪1台 进口切片机1台 分析天平1台 现开展各种特殊染色如先天性巨结肠的乙酰胆碱酯酶和胃镜活检的HP染色、尸体解剖诊断和脱落细胞学诊断，同时开展免疫组化、原位杂交、图像分析、细胞凋亡的原位检测，服务于临床及科研工作。每年进行临床病理讨论会并协助完成大量的科研工作，如小儿肿瘤的多项国家自然科学基金及卫生部课题和脑缺血缺氧的亚低温的治疗，协助培养研究生数十名。近年来，科内申请并完成卫生部课题“比较基因组杂交在胚胎性肿瘤中的应用”一项，每年发表论文1~2篇，一人当选为全国儿科病理学委员。曾协助完成课题获得上海科技进步奖。