主诊病种：炎症性疾病、肿瘤、先天发育异常、创伤、代谢障碍、循环障碍性疾病及免疫性疾病等。

病理科是医教研三结合责任重大的科室，设有病理诊断室、病理技术室、标本取材室、免疫组化室、图象分析室、TCT室、病理档案室及尸体解剖室。

科室基础仪器设施设备较齐全，有全自动封闭式组织固定脱水机二台(德国Leica一台、日本樱花一台)、生物显微镜二台(奥林巴斯，日本)、五人共览显微镜一台(德国Leica);荧光及相差显微镜照相机一台(日本尼康)、恒温冷冻切片机二台(Leica)、超薄切片机系列(Leica)、石蜡切片机二台(一台Leica，一台国产)、捞片机、烤片机系列(日本)、包埋中心(Leica)、TCT制片机、电子分析天平(美国)、离心机、恒温箱、真彩色图象分析系统(中国)等，设备运行状态良好，能满足临床病理诊断及科研教学工作需要。

病理科除承担常规活体组织病理诊断、冰冻切片病理诊断、细胞学病理诊断(含TCT)及外院病理切片会诊任务外，还能进行图象分析定量，使用电镜协助病理诊断及科研工作，已开展多种病理组织学技术包括组织化学、免疫组织化学、免疫荧光技术、原位杂交技术、原位细胞凋亡检测及TCT技术等。

TCT(ThinPrep Cytology Test)技术即膜式液基薄层细胞学检查，通过标本采集、固定、细胞混匀、细胞的负压过滤膜采集、细胞转移等步骤制成薄层的玻片。玻片质量高，细胞呈薄层，较少重叠，结构清晰，背景清朗，一个细胞标本可重复制片，可发现肿瘤、微生物感染等多种病变，与传统手工涂片相比具有较高的阳性检出率。

另外，病理科在科研教学方面亦做了大量的工作并取得了一定的成绩。曾主持并完成国家自然基金资助课题“中药对慢性胃炎的实验及临床研究”，国家科委“八五”攻关课题“中药对慢性萎缩性胃炎伴癌前期病变的临床及实验研究”，国家自然科学基金资助课题“益气活血清热法干预人胃粘膜上皮细胞恶性转化作用研究”及北京中医药大学校级课题“慢性胃炎不同证型胃粘膜病理形态学实质探讨”并取得可喜成绩，发现了不同证型慢性胃炎局部胃粘膜细胞免疫状态及中药辨证施治有效的免疫机制，在此基础上继续申报2006年校级课题“慢性胃炎宏观及胃镜微观辨证与病理学变化关系及其实质探讨”得到进一步资助;合作完成国家教育部重点项目课题”消痞灵冲剂对慢性萎缩性胃炎伴异型增生大鼠胃粘膜细胞增殖及血管形成的影响”、国家自然基金资助课题”活血化瘀法防治慢性萎缩性胃炎癌前病变的作用及机理研究”。曾获北京中医药大学科技成果二等奖2项，获国家中医药管理局基础研究三等奖1项;病理科还与其它部门合作完成多项各级各类科研课题，撰写多份动物实验报告，讲授研究生临床病理诊断课程并带教，取得了预期的良好效果;指导并培养数十名博士及硕士研究生，其中临床病理专业博士研究生1名，硕士研究生3名。