始建于1958年，当时国内麻醉学科的创始人之一，原上海第一医科大学附属中山医院的吴珏教授兼任了上海市胸科医院麻醉科的第一任主任，第二医科大学附属瑞金医院的李杏芳教授兼任麻醉科副主任，王芥子负责科室日常行政事宜。在建院早期老一辈麻醉学家在艰苦的条件下，自行研制各种导管、利用简易的设施，在监测条件非常有限的情况下开展了气管内插管全身麻醉、低温麻醉、体外循环麻醉等，保障了心胸外科手术病人的安全，他们的辛勤劳动不仅为中国的麻醉事业、也为中国的心胸外科发展做出了巨大贡献。他们的开拓、奉献精神永远是我们学习的榜样。经过50年的建设，今天的麻醉科已经发展成为一个科室建制完整、管理完善、医疗设施先进、医务人员技术精湛的临床二级学科。在今天的辉煌中，不仅凝聚了曾经在胸科医院麻醉科工作过的医务人员尤其是金定炼、高天华、金耀辉等老同志的心血，更有上海市孙大金教授、杭燕南教授、蒋豪教授、薛张刚教授、于布为教授等的鼎力支持与无私帮助。

目前科内正主任医师、教授、硕士研究生导师1人;副主任医师4人;主治医师10人;住院医师6人;主管技师1人;护(师)士2人，医生中接受研究生教育的人员占了1/2以上，多人有国外留学经历。麻醉科的医务人员深知胸、心外科手术的创伤大、病情复杂，对麻醉的技术要求高，因此，认真工作、努力学习、精益求精、不断提高专业技术水平成了麻醉科工作人员的一种自觉行为。目前所有手术室均配备有功能齐全的进口麻醉机和多功能监护仪，还拥有不同型号的纤维支气管镜和电视显示系统，血气、电解质分析仪，连续心排血量监测仪(CCO)，TCI输注系统，Sonoclot凝血与血小板功能分析仪等先进设备，为麻醉科医生在术中严密监测病情变化、随时调控病人提供了可靠的信息来源和硬件保障。2006年8月麻醉信息管理系统的应用，不仅使麻醉科的管理更上一层楼，更是让病人的麻醉信息能够真实、可靠地得以保存，必将更加有利于麻醉科医疗、教学、科研的发展。以心、胸麻醉为特色的麻醉科，在业务技术上名列全国心、胸专科麻醉的前列，不仅积累了丰富的临床经验，而且为国内麻醉医生的培养做出了贡献。