以胸部肿瘤外科综合治疗为主要发展方向，在科主任许林教授的带领下，已形成以高级专家和博士、硕士为核心的肺癌、食管贲门癌两个专业学组，两个学组均形成各自的特色及优势。
 
        肺癌组：已完成肺癌根治术6000余例，居全国第4位，5年生存率达38%，为国内先进水平。在国内较早、省内率先开展隆突、气管、肺动脉、支气管成形等高难度肺外科技术。近年来在“局部晚期中心型肺癌的外科治疗”方面形成特色，将心血管外科技术和肺移植技术应用于肺癌外科治疗临床。对肺癌侵犯心脏大血管病人，在国内较早应用部分左心房切除、上腔静脉置换、肺动脉圆椎－基底干肺动脉吻合术、自体肺移植等心血管外科和肺移植技术治疗肺癌。上述新技术将局部晚期中心型肺癌的手术切除率由过去的50-60%提高到95%以上，突破了传统的手术禁忌，改变了以往肺癌侵犯心脏大血管不适合手术的概念。使许多过去被列为手术禁忌症的肺癌病人得到外科治疗，显著提高了局部晚期肺癌生存率和生存质量。

        近年来与化疗科、放疗科紧密合作逐步完善了局部晚期肺癌外科综合治疗方案，积极开展术前新辅助化疗和术后化疗、放疗，将局部晚期肺癌的术后5年生存率由过去的10%提高到30%。提出局部晚期肺癌外科整体治疗新概念，并获江苏省科技进步二等奖。

　　重视肺癌的基础研究，率先在国内将分子生物学用于肺癌外科治疗，为肺癌患者早发现、早诊断、早治疗的提供了一种重要方法，并获江苏省科技进步奖三等奖。2006年参加省科委重大课题“防治肺癌的规范化综合诊治技术方案研究及其临床应用示范”的招标并一举中标，标志着该科医疗、科研水平达到国内先进、省内领先水平。

       在省内率先开展肺上沟瘤切除、人工胸骨置换等高难度手术。成功切除35*30*25cm3国内罕见巨大纵隔肿瘤，开展了电视胸腔镜肺切除、纵隔肿瘤切除术。

　　完成食管贲门癌15000例，居全国第3位，其中食管癌5年生存率达31%，贲门癌术后5年生存率达28%以上，为国内先进水平。在国内率先开展非开胸食管拔脱术治疗早期食管贲门癌，该术避免了开胸，减轻了病人的痛苦。自行研制的颈部吻合器和食管-胃吻合器缩短手术时间，减少并发症，分别获得江苏省科技进步三等奖和四等奖。在省内率先运用食管带膜支架治疗晚期食管贲门癌、食管气管瘘取得较好的疗效。贲门癌术前持续动脉内化疗的远期疗效观察获得江苏省科技进步四等奖，在省内率先运用食管腔内超声诊断早期食管癌，取得良好的效果，获得省医学新技术引进二等奖。近年来在对食管癌的淋巴转移的治疗、食管贲门癌术前新辅助化疗等热点问题进行探索。

        在国内或省内首先开展“残胃倒置代食管＋脾、胰体尾移位胸腔”、“电视胸腔镜辅助小切口行食道癌切除术＋淋巴结清扫”等新技术治疗食道癌。

        重视食管癌的综合治疗，与化疗科、放疗科合作，积极开展食管癌术前、术后放疗、化疗，获得较好的疗效。
 
        2003年胸外科进行的同种异体肺移植获得成功，现患者已健康成活三年半，标志着该科综合实力已达到国内先进水平。