南京医科大学第二附属医院（南京医科大学第二临床医学院、江苏省第二红十字医院、南京医科大学附属儿童医院、）位于南京下关挹江门明城墙边美丽的小桃园湖畔，环境优美，交通便利，是南京医科大学临床教学基地和江苏省首家全科医师培训基地。医院本部现占地28520平方米，建筑面积49440平方米，床位600张，高级职称120人，拥有万元以上医疗设备376台（套）。东院位于中山北路262号（原铁路中心医院），占地面积25000平方米，有床位343张，专家21名。

医院现共有40个临床科室，20个医技科室，10个教研室。荟萃着许多知名医学专家，拥有一批学科带头人和骨干医师，其中一批年富力强的中青年专家被选定为省“兴卫工程”及“333工程”医学重点人才。消化医学中心、儿科、内分泌科为江苏省级临床重点专科；小儿肾脏病的研究和治疗处于国内领先地位；消化医学中心系卫生部消化诊疗技术培训基地和南京医科大学内镜研究所所在地，为目前江苏省规模最大、开展项目最多、集检查与治疗为一体的医学中心；妇产科、普外科、烧伤整形外科、神经内科、小儿外科等均在省内享有较高声誉。今年以来，医院又在东院组建了儿童医学中心、脑病治疗中心、肾病治疗中心、血液净化中心、眼视光中心等科技水平较高的特色专科。