1892年医院建院后即有药房，1951年底成立药材科，1989年更名为药剂科。是南京市医学重点专科、卫生部临床药师培训基地、中国药科大学临床药师培训教学基地。

　　现有工作人员115人，药学人员92人，占80%，其中中、高级以上职称41人，占45%，研究生以上学历7人，占6.1%，本科学历23人，占20%。设有科中心质量管理(QC)组、药品库房、临床药学室、6个调剂药房、2个静脉输液配置中心。该科以科学管理药品和合理用药为目的、以合理用药为核心的医院药学工作模式，药占比历年在43—44%左右。坚持以《医疗机构药事管理暂行规定》、《药品不良反应报告与监测管理办法》、《抗菌药物临床应用指导原则》、《处方管理办法》、《医院药师规范化培训大纲（试行）》、《麻醉药品和精神药品管理条例》等作为工作标准和指南。有科规章制度和各级人员岗位职责及考核标准，至2000年起至今有六名临床药师。创办了《临床药事》专业刊物。承担厅级、市局级科研等项目6项和中国药科大学等几所大学的教学工作。