功能神经外科是神经外科的一个重要分支，从20世纪初开始出现，Leriche在1949年首先提出了“功能性外科”，1956年Wertheimer提出了“功能性神经外科”的概念，同时划分了功能神经外科的范围。由于人类对神经系统基础科学研究的不断深入，各种现代科技的快速进展，功能神经外科的概念及期范畴也发生了变化。目前功能神经外科的范围主要包括：运动障碍性疾病 （脑瘫、震颤、肌张力障碍、舞蹈症等）、癫痫、疼痛（三叉神经痛、慢性疼痛等）、精神障碍（难治性抽动障碍、强迫障碍等）和某些功能性神经疾病（面肌痉挛、微小意识状态等）。功能神经外科治疗方法包括电刺激治疗、切除性手术治疗、离断性手术、立体定向毁损、立体定向放射外科、组织移植、微血管减压术等。
　　功能神经外科是目前医学领域发展最快的方向之一，国内外许多知名医院的功能神经外科已经发展成为独立科室或病区，北京儿童医院功能神经外科是我国第一个儿童功能神经外科，2015年独立成科。现有医生8人，其中正高1名（梁树立）、副高2名（方铁、徐金山），所有人员均具有硕士以上学位，其中博士毕业4人。有出国学习经历2人，人才结构合理，是一支充满朝气的科室。
　　目前科室承担国家自然科学基金1项，联合承担国家重点研发项目、北京市脑科学研究专项、北京市自然科学基金、首都卫生发展专项基金等科研项目，与中国科学院、北京大学、清华大学、首都医科大学等都多个单位开展合作研究。作为共同牵头单位发表了《结节性硬化相关癫痫外科治疗的中国专家共识》《胶质瘤相关癫痫诊断与治疗的实用指南（英文版）》。
　　北京儿童功能神经外科与神经外科、神经内科共同组成神经中心，拥有Rosa手术机器人、神经导航、高清手术显微镜及录像系统、视频脑电图与皮层电刺激器、术中电生理监测仪、超声骨刀等手术和检测设备，为患儿的神经系统疾病提供全面、系统的解决方案。同时与神经内科、康复科成立脑瘫中心并建立脑瘫联合门诊，与神经内科（含神经电生理）、影像科组建癫痫中心并进行多学科癫痫术前评估，为复杂、诊断不明、治疗效果不佳的癫痫与脑瘫患者儿提供一站式服务，充分体现北京儿童医院综合性儿童医院的多学科优势。
科室负责人梁树立主任是我国知名功能神经外科专家，专长于癫痫、脑瘫、肌张力障碍、抽动症、疼痛等功能神经疾病的术前评估与外科治疗。兼任中国抗癫痫协会常务理事兼结节性硬化专业委员会副主任委员；中国医师协会神经调控专委会常务委员兼青年委员会副主任委员；中国研究型医院学会脑功能研究与转化专业委员会常务委员兼秘书长；北京抗癫痫协会常务理事兼秘书长。负责国家自然科学基金3项，在《Science Advances》、《Brain Stimulation》、《Epilepsia》等杂志发表SCI收录论文36篇，第一完成人获得军队科技成果二等奖2项，获盛志勇医学成就奖、王忠诚神经外科医师奖、首都十大杰出青年医生奖、北京市科技新星等。