北京儿童医院耳鼻咽喉头颈外科成立至今已经有近40年历史，是中华医学会耳鼻咽喉头颈外科分会小儿学组组长单位。医院倪鑫院长为耳鼻咽喉头颈外科专业，现任中国抗癌协会头颈专业委员会副主任委员，北京医学会耳鼻咽喉头颈外科学分会常务委员;张亚梅主任是中华医学会耳鼻咽喉分会小儿学组组长，北京分会耳鼻喉科专业委员。
　　科室现拥有床位30张，睡眠中心床位12张。专业设置分为耳科、鼻科、咽喉科、头颈外科。年门诊量约12万人次，病房年手术量2000余例，年急诊量1.8万例，且呈每年递增趋势。科室共有23名医师及研究员1名，其中5名主任医师，8名副主任医师，6名主治医师，住院医师4人;博士毕业3人，硕士毕业8人，有9人在职研究生毕业,4人在职博士研究生在读，3人即将进入在读博士行列。有多人到国内外进修超过半年。
　　北京儿童医院耳鼻咽喉头颈外科在全国小儿耳鼻喉科领域具有领军的地位，目前正在担任首都医科大学儿童变应性鼻炎的流行病学及早期诊断干预课题的研究。从1996年开始承担首都医科大学临床耳鼻喉科教学任务，并担任北京护校教学见习任务;每年培养1～2名进修医师，并有多人次的短期进修人员参观学习;近年共培养了9名硕士研究生。
　　科室在进行常规手术的同时，开展了一系列具有一定难度的手术项目，如改良乳突根治鼓室成形一次完成术，面神经减压术，人工耳蜗植入手术，新生儿内镜辅助下鼻咽肿物切除术，鼻内镜下鼻腔鼻窦肿瘤切除术，鼻内镜下全组鼻窦开放术，低温等离子射频治疗睡眠呼吸暂停低通气综合征，支撑喉镜下喉显微外科手术，喉部及头颈部肿物切除术等。

特色项目
　　1. 儿童气管支气管异物的诊断与治疗：在国内、国际上已达先进水平，现有一整套完善的气管异物患儿术前、术后量化评估方法，能做到快速诊断及安全取出异物，20年已取出呼吸道异物10000余例，保持极低的并发症率。
　　2. 儿童耳疾病、听力障碍的诊治：已筹备成立儿童听力诊疗中心，目前已开展人工耳蜗植入、助听器验配，并逐步形成儿童耳疾病的综合诊治中心。
　　3. 开展了人工耳蜗植入技术,到目前为止已经完成了约60例耳蜗植入手术，并且正在稳步的发展中
　　4. 儿童头颈肿瘤的诊治：开展了率先开展了多例新生儿、婴幼儿咽喉及头颈部肿瘤的治疗
　　5. 儿童睡眠相关疾病诊断与治疗：北京儿童医院是全国最早进行小儿睡眠呼吸疾病研究的医院之一，自2002年睡眠实验室成立以来，每年做多导睡眠呼吸监测1500余人次，筛查1000余人次，在诊断与治疗儿童睡眠呼吸暂停低通气综合征上已形成一套完整的流程体系，率先开展改良咽成形手术术式，提高了手术治疗小儿阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征的有效率;对于手术效果欠佳和不适于手术的患儿给予无创通气治疗，取得很好的效果，并积累了大量的经验，该项目在国内属于领先地位。
　　6. 儿童变应性鼻炎诊断与治疗：在儿童变应性鼻炎的研究中，医院有良好的过敏性疾病的检测和诊断手段，完成了北京市3~5岁儿童变应性鼻炎的流行病学研究，积累了儿童变应性鼻炎的流行病学数据。同时完成了《首都医学发展基金》和《北京市教委科研基金》等多项课题研究。拥有科研梯队和良好的基础医学研究的条件。倡导并完善了《儿童变应性鼻炎的诊疗指南》。与新加坡国立大学附属医院变态反应研究中心有良好的合作关系，并且作为亚太地区变态反应疾病协作组成员之一，参与亚太地区儿童变应性鼻炎的研究工作。目前正准备开展儿童变应性鼻炎的脱敏治疗及鼻科实验室检查项目。
　　7. 儿童鼻部疾病的诊治：开设了鼻科专业门诊，开展了鼻腔、鼻窦疾病的手术治疗，将在儿童鼻窦炎的发病机制方面进行更深入的研究。
　　8. 2012年，科室率先开展了儿童眩晕的诊断及治疗，填补了儿童眩晕及相关疾病诊治工作的空白。