前身为药剂科，工作集药品采购、供应、制剂、临床药学、科研教学、经济管理及贯彻执行药品法规为一体，具有执法性、专业技术性、咨询指导性、经济管理性和协调服务等特性，下设办公室、临床药学室、临床药理实验室、门诊中药房、门诊西药房、急诊药房、住院药房、干部药房、中药库、西药库等部门，有药学专业技术人员77名，其中高级职称3名，中级职称15名，博士1名，硕士4名。 曾获得“院先进集体”，“上海市红旗文明岗”，首批上海市卫生局“放心药房” ，上海市闸北区医疗机构“放心药房”等光荣称号；2006年获得中国医院协会颁发的首届“中国医院药事管理优秀奖”；药物不良反应监测工作获曾获得了上海市药物不良反应监测中心的好评。  
临床药学科严格执行药事管理相关法规，将药事质量的全程管理纳入医院的全面质量控制。标准化的药事管理涵盖了药事工作的全部内容，做到了工作制度化、操作规范化、管理科学化，建立有药事应急管理制度及预 临床药学科依托信息快速提升管理能力。HIS系统中的药品模块在整个供应链中提供基础数据，充分发挥了药品质量管理警示功能，确保质量和用药安全。  
临床药学科工作已从保障供应型向以病人为中心，合理用药为核心的临床药学服务功能转化，如临床药师参与临床疾病的诊断（尤其是药源性疾病的诊断）、治疗，降低了药物不良事件发生以及药源性疾病的发生；并主动收集、上报药物不良反应（ADR）报告，是ADR工作的倡导者、先行者；门诊西药房设立咨询窗口，每天解答众多病人用药方面的疑问和为临床医生提供药物信息，另建立咨询电话，方便关于药物知识的咨询；使用荧光偏振免疫分析(FPIA)和高效液相色谱分析技术（HPLC）进行治疗药物监测（TDM）服务，为提供个体化给药方案提供科学、客观的数据，可监测的药品有地高辛、苯妥英钠、卡马西平、丙戊酸钠、万古霉素。   
自2006年起设立药物临床试验机构办公室，负责医院药物临床试验的工作，日常工作由机构常务副主任（药剂科主任）协调管理，目前已通过SFDA组织的现场检查，待批中。