脑科中心是该院集医疗、科研、教学于一体重点临床科室，是广东三九脑科医院重点帮扶科室，长期与广州军区广州总医院、广东三九脑科医院和珠江医院等多家三甲医院保持协作关系，承担多项省、市级科研项目。该科分为神经外科、神经内科、神经康复科、神经功能科四个专业组，拥有一支临床经验丰富、理论知识扎实的高品质医务人员，配备一大批现代化医疗设备，年服务人次约7200人次。
　　质量保障
　　1. 优秀的专业团队。该中心现有专业技术人员26人，其中，主治医师4人，医师4人，护理团队18人，曾多次派员到广州军区广州总医院、广东三九脑科医院和珠江医院研修神经内科、神经外科，在省级以上专业刊物发表学术论文20余篇。
　　2. 先进医疗设备。该中心配备动力系统（开颅）、多功能麻醉机、脑循环治疗机、脑功能障碍治疗仪、16排螺旋CT、脑电地形图、经颅多普勒超声（TCD )等设备。
　　专科特色
　　1. 神经外科：收治各种颅脑外伤、脑肿瘤、高血压脑出血、三叉神经痛、脑积水、颅内先天性疾病。
　　2. 神经内科：收治各类脑血管疾病、眩晕、失眠、各型头痛、癫痫、帕金森氏病、老年性痴呆、各种神经系统感染性疾病、神经系统变性疾病、肌病、脑外伤后遗症以及周围神经病等。
　　3. 神经康复科：配有运动疗法、作业疗法、物理因子疗法、语言疗法、心理疗法、中医传统疗法等康复治疗设施，是粤西地区目前较大的一家以神经康复为主的综合性康复治疗单元。
　　4. 神经功能科：开展缺血性脑血管病颅内外血管狭窄及闭塞的筛选，支架治疗后随诊，微栓子检测、癫痫的诊断、癫痫灶定位、危重脑损伤患者预后判断以及周围神经疾病的诊断。