新生儿科分为新生儿内科和新生儿外科，新生儿内科是儿童医院最大的专业临床科室，分为普通新生儿和危重新生儿治疗区（NICU），现在床位60张（母婴同室），实际开放床位120张，年收治病人近6000例。其中危重病例2500例以上，特危重病例1000余例。现有闭合式婴儿保育箱，开放式婴儿抢救台、中心监护、呼吸机、CPAP、婴幼儿听力筛查仪，双面蓝光治疗仪、微量注射泵等仪器200余台（套），其中10万元以上40台（套），院前转运系统一套，形成院前转运、院中治疗、院后康复的一系列先进的设备支持系统。
　　在人员构成上现有主任医师一名，副主任医师2名，主治医师4名，住院医师16名，硕士研究生3名，在职研究生3名，注册护士60名，其中本科学历5名。形成了一个人员结构合理，梯次分明，业务素质较强的，能够与现有设备最佳匹配的医护队伍。现就新生儿医、科教研，分别介绍如下：
　　基本医疗：在完成大量新生儿基本医疗任务，以“人无我有，人有我精，人精我细”为原则，服务好每一个病人，同时根据新生儿病谱的改变，在早产儿、新生儿缺血缺氧性脑病，重度高胆红素血症，先天性疾病等方面，提出“早期干预和管理”的新概念，降低了病儿的死亡率和致残率或致残程度。2009年通过综合治疗对于院前转运及时和无严重畸形早产儿实施新概念诊疗无一例死亡或致残。其中成功治疗一例800克超低体重早产儿。通过外周静脉换血抢救了重度黄疸病儿，先天性疾病的诊断率达到100%（已在上海等医院证实）诊断：先天性甲状腺功能减退、肾上腺皮质功能减退、先天性鱼磷病、先天性家族性刺激性婴儿抽搐症等一大批罕见的先天性疾病，对于呼吸道、消化道、心脏等先天性畸形，48小时检出率达100%。
　　科教：在完成基本医疗任务的同时，为了能够进一步提高诊治水平，全科医护人员认真总结，广泛交流。申报市级课题1次，2008¬―2010年发表省级以上论文25篇，市级论文数篇。在教学方面接纳进修人员10余名，为基层人员培养做出了贡献。在科医护人员外出学习和培训10余次，为医疗的进一步发展，更好地服务病人打下坚实的基础。新生儿科的所有医护人员坚信，在院领导的支持和关心下有能力把新生儿事业做大、做强，切实成为淮海经济区新生儿事业的领头羊。

　　新生儿外科专业有小儿外科医师7名，其中正主任医师2名，副主任医师1名，主治医师1名，住院医师3名，是小儿外科一支有生力量，在全国、全省都享有较高的声誉。