第三军医大学病理学研究所由我校基础医学部病理学教研室与第一附属医院(西南医院)病理科于2000年合并组建而成。病理学教研室由著名病理学家晏良遂教授创立于1942年(时称国立中正医学院病理学系)，晏良遂、程天民、史景泉、刘友生、卞修武教授先后任主任。1978年成为国家首批硕士学位授权学科，1984年成为博士学位授权学科，2000年获批为基础医学博士后流动站。西南医院病理科于1970年独立建科(时称第七军医大学长海医院病理科)。本研究所是全军最早与附属医院病理科整合、全军唯一的集病理学教学、诊断和科研于一体的病理学研究所，现为全军临床病理专科中心，是全国病理学委员会常委单位、中国病理科医师协会常委单位、中国病理学工作者委员会副主任委员单位和全军病理学专委会主任委员单位。学科曾培养、后来成长为中国工程院院士的程天民、刘彤华教授为代表的一大批杰出病理学家。

第三军医大学病理学科创建早、规模大，在全军最早与附属医院病理科整合并形成全军唯一的集病理学教学、临床病理诊断和科学研究于一体的病理学研究所，是全军临床病理专科中心，是全军病理学专业委员会主任委员单位、全国病理学专业委员会常委单位。学科拥有先进的病理诊断和科研技术平台，长期从事创伤病理和肿瘤病理诊断与研究，形成了结构合理的高素质研究团队。 病理诊断方面，在神经、胃肠道、淋巴造血、骨及软组织肿瘤等疾病的病理诊断和鉴别诊断方面具有突出优势和特色，目前临床组织病理诊断每年达4.2万例(其中疑难病例5000余例)、细胞病理每年达1.2万例，并接受来自全国各地疑难病理会诊1.5万余例;基础病理研究方面，形成了以创伤分子病理(烧伤内毒素血症损伤机制)研究为特色、以肿瘤分子病理(血管生成和肿瘤干细胞)以及相关诊治新方法研究为重点和优势的科研方向，已取得一系列研究成果，并在国内外具有一定的学术影响。目前本实验室已成为我国临床病理诊断、基础病理研究和专业人才培养的重要基地之一，在国内外同行中有较大影响。