厦门市中医医院消化内科是厦门市的重点科室，其慢性胃炎是国家重点中医专病，在全国第二批500名老中医，享受国务院特殊津贴的老院长涂福音教授的指导下，在中国中医药学会脾胃病专业委员会副秘书长，福建中医学院硕士研究生导师，消化科主任吴耀南主任医师的带领下，采用特色的中医中药治疗各种消化系统疾病有丰富的经验和显著疗效。尤其对慢性萎缩性胃炎胃癌前病变，慢性结肠炎，胆囊炎胆石病等疑难病症的治疗有独特疗效，达到国内和省内先进水平。
科室特色：
（一）、慢性胃炎及胃癌癌前病变的治疗
科室通过辨证施治，调整人体阴阳平衡，采用中医健脾益气活血的方法保护胃粘膜屏障和提高人体的抗病能力扶正祛邪，选用具有抑杀HP的中药直接抑杀。同时采用针灸、王不留行籽贴耳穴、光量子氧照射、微波照射、8毫米波穴位照射、激光治疗仪多途径治疗慢性胃炎，取得了良好的疗效。科室还研制了11种专科制剂：康胃颗粒（原名为胃圣冲剂）、祛痛灵、开胃灵、参术散等制剂，这些自制制剂已广泛应用于临床取得了良好的疗效
（二）、研制专科制剂肠露保留灌肠治疗结肠炎
科室治疗慢性结肠炎有丰富经验，根据该病病程长，反复发作，多呈本虚标实，寒热错杂，以脾肾阳虚为本，湿热滞留为标，采用温阳益气，清热解毒，寒热并行，标本兼治的中药保留灌肠治疗慢性结肠炎。
（三）、根据脾主肌肉理论，健脾生肌法治疗十二指肠球部溃疡
遵循中医脾主肌肉的理论，采用健脾生肌法，从内疡治疗十二肠球部溃疡。同时对于上消化道大出血，采用胃镜下止血及中药治疗相结合，使患者的出血量及出血期大大缩短，减少患者的痛苦。
（四）、运用中医脾胃理论治疗其他脏腑的疑难病证
运用中医脾胃学说，采用泻热通腑，宣肺祛痰和益气养阴清热，通腑宣肺祛痰中药保留灌肠治疗咳喘。
（五）、运用中医理论治疗胆结石、胆囊炎
胆结石、胆囊炎是临床多发病，科室采用中药口服，结合中药静点等综合手段治疗胆结石、胆囊炎，改善症状有效率为96.6%，并和我院外科联合，开展三镜联合微创手术治疗，使患者痛苦少，恢复快。