针灸科是我院特色专科。初建时只有20多个平方，4张简易的治疗床，两台G6805针灸治疗仪。现已发展为面积120多个平方，20张治疗床，14张TDP红外线治疗灯，10台G6805针灸治疗仪，2张目前全市最先进的多功能三维牵引床，两台全自动颈椎牵引治疗椅。就诊量从原来的每天3-4位病人，发展到每天40-50位患者。科室现有医生5名，本科生2名，大专生3名，其中副主任中医师2名，主治中医师1名，住院医师2名。本科以特色中医针灸疗法应用于临床，对中风偏瘫、面神经炎、三叉神经痛、带状疱疹及其后遗神经痛、颈椎病、肩周炎、网球肘、各类关节炎、腰椎间盘突出症等疾病均有较好的疗效。近年来开展综合疗法（针灸、推拿、三维牵引、小针刀）治疗腰椎间盘突出症、颈椎病等疾病疗效显著。科室在患者中有较高的评价，在周边乡镇也有很高的知名度。2008年被市局评为“兴化市名科”。